转录组学与蛋白质组学研究.ppt

转录组学与蛋白质组学的研究 制作人：张婷婷、李志龙 目录 一转录组学与蛋白质组学的概念 （一）转录组与转录组学 转录组（transcriptome）：那些在特定时间所需生物信息，编码蛋白质的基因衍生而来的RNA分子的集合（转录组是由mRNA构成的）。 转录组学（transcriptomics） ：以转录组分析为研究内容的研究领域称为转录组学，即研究细胞在某一功能状态下所含mRNA的类型与拷贝数。 转录组与转录组学 所有生物 仅真核生物 （一）转录组与转录组学 （二）蛋白质组与蛋白质组学 蛋白质组(Proteome)：细胞内那些决定细胞所能进行生化反应性质的所有蛋白质组成成分。（这些蛋白质是通过翻译那些组成转录组的mRNA分子而合成的。） 蛋白质组学(proteomics)：是在蛋白质水平上定量、动态、整体性地研究生物体。 中心发则 中心法则 二、转录组学与蛋白质组学的联系 转录组与蛋白质组的关系 转录组和蛋白质组之间联系的重要成分遗传密码（genetic code） 遗传密码又称密码子、遗传密码子、三联体密码。指信使RNA(mRNA)分子上从5端到3端方向，由起始密码子AUG开始，每三个核苷酸组成的三联体。它决定肽链上每一个氨基酸和各氨基酸的合成顺序，以及蛋白质合成的起始、延申和终止。几乎所有的生物都使用同样的遗传密码，称为标准遗传密码；即使是非细胞结构的病毒，它们也是使用标准遗传密码。 转录组与蛋白质组的关系 转录组与蛋白质组的关系 非标准遗传密码： 虽然遗传密码在不同生命之间有很强的一致性，但亦存在非标准的遗传密码。在有“细胞能量工厂”之称的线粒体中，便有和标准遗传密码数个相异的之处，甚至不同生物的线粒体有不同的遗传密码。支原体会把UGA转译为色氨酸。纤毛虫则把UAG(有时候还有UAA)转译为谷氨酰胺(一些绿藻也有同样现象)，或把UGA转译为半胱氨酸。一些酵母会把GUG转译为丝氨酸。在一些罕见情况，一些蛋白质会有AUG以外的起始密码子。 真菌、原生生物和人以及其它动物的粒线体中的遗传密码与标准遗传密码的差异，主要变化如图： 转录组与蛋白质组的关系 二转录组学与蛋白质组学的联系 这种现象最初是1979年由英国剑桥大学Frederick Sanger小组发现的。 二转录组学与蛋白质组学的联系 弗雷德里克·桑格（Frederick Sanger 1918年8月13日）是一位英国生物化学家，曾经在1958年及1980年两度获得诺贝尔化学奖，是第四位两度获得诺贝尔奖，以及唯一获得两次化学奖的人。 桑格于1918年8月13日出生于英国格洛斯特郡，父亲是一位医生。从布莱恩斯滕高中（Bryanston School）毕业后，桑格进入了剑桥大学圣约翰学院，并于1939年完成自然科学文学士学位。 三转录组学与蛋白质组学的研究 (一)转录组与转录组学 一些研究方法能够判断DNA片段中有无基因的存在，但却不能给出那些基因在DNA 序列上的定位信息。获得定位信息最容易的方法是对相关cDNA进行测序，而cDNA是mRNA的复制本，与该基因的编码区相对应，并且在编码区的两端还多出同时被转录的前段序列和尾端序列。因此，将cDNA序列与基因组DNA序列相比较，就可以描述相应基因的位置。 (一)转录组与转录组学 目前用于转录组数据获得和分析的方法主要有基于杂交技术的芯片技术包括cDNA芯片和寡聚核苷酸芯片，基于序列分析的基因表达系列分析SAGE?（serial?analysis?of?gene?expression，SAGE）和大规模平行信号测序系统MPSS(massively?parallel?signature?sequencing,MPSS)。　　 基于序列分析的基因表达系列分析（SAGE?） 　 (一)转录组与转录组学 　 基因表达系列分析SAGE?（serial?analysis?of?gene?expression，SAGE） （一）转录组与转录组学 3应用 通过这种基于基因表达谱的分子标 签，不仅可以辨别细胞的表型归属，还可以用于疾病的诊断。尤其对于研究癌症产生重大的影响。 （一）转录组与转录组学 一项基于转录组测序的研究发现了前列腺癌中新的基因融合。这项研究是由密歇根大学的研究团队完成的，他们通过对病人细胞系和肿瘤样本的转录组进行测序，发现了前列腺癌中新的基因融合。文章发表在2009年1月11日的《Nature》网络版上。 （一）转录组与转录组学 加拿大的科学家们用下一代测序方法研究来自一个雌激素-受体-阿尔法-阳性的转移性小叶乳腺癌