小桐子EST鄄SSR分子标记的开发与种质遗传多样性-PlantDiversity.PDFVIP

植 物 分 类 与 资 源 学 报摇 2011,33 (5):529~534 Plant Diversity and Resources摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 DOI:10.3724/ SP.J.1143.2011.11064 小桐子EST鄄SSR分子标记的开发与种质遗传多样性分析* 1,2 1** 杨摇 春 , 刘爱忠 (1 中国科学院西双版纳热带植物园, 云南 勐腊摇 666303;2 中国科学院研究生院, 北京摇 100049) 摘要: 小桐子 (Jatrophacurcas)适应性强, 不择土壤, 种子油脂性能适宜生物柴油的生产, 是重要的生物 柴油植物。 基于小桐子种子发育过程中的EST序列, 采用生物信息学方法, 从4640个EST非冗余序列上 鉴别了1009个SSR位点并分析其分布特征; 开发了11对多态的EST鄄SSR分子标记, 并利用这些分子标记 调查了24个不同地理种源的遗传多样性, 从每个位点的等位基因数目 (2 ~3, 平均为2.45)、 期望杂合 度 (He为0.0887~0.5128, 平均是0.2736)、 多态信息含量 (PIC为0.0847 ~0.4031, 平均是0.2313) 等方面反映了小桐子种质的遗传多样性低。 进一步分析显示不同地理种源的遗传关系缺乏明显的地理结 构。 作者开发的EST鄄SSR分子标记不仅有助于小桐子种质的遗传多样性研究, 也有助于小桐子种质间的 遗传关系鉴别。 关键词: 小桐子; 生物柴油植物; EST鄄SSR; 遗传多样性 中图分类号: Q78摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 文献标识码:A摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 文章编号:2095-0845(2011)05-529-06 Development of EST鄄SSR Markers fromJatropha curcas (Euphorbiaceae) and Their Application in Genetic Diversity Analysis among Germplasms 1,2 1** YANG Chun ,LIU Ai鄄Zhong (1Xishuangbanna Tropical Botanical Garden,ChineseAcademy of Sciences,Mengla666303,China; 2 Graduate University of ChineseAcademy of Sciences,Beijing 100049,China) Abstract:Jatropha curcas (Euphorbiaceae)hascreatedtremendousinterestallovertheworldfortheuseofitsseed oil asacommercial sourceof biodiesel. Basedon9843ESTsavailablefromthedevelopingseedsofJatrophacurcas, we identified 1009 SSRs in4640 unigenes and developed 11 polymorphic EST鄄SSR markers which exhibited a low level of genetic diversity among germplasms,i.e. allele number varied from 2 to 3,with a average of 2.45;Het鄄 erozygosity (He) rangedfrom0.0887-0.5128,with a average of0.2736;Polymorphic I