用MXAN拟合钩端螺旋体去甲酰化酶XANES谱丰-LibraryInstituteof.PDFVIP

维普资讯 第 31卷 第 2期 高 能 物 理 与 核 物 理 Vo1．31．No．2 2007年 2月 HIGH ENERGY PHYSICS AND NUCLEAR PHYSICS Feb．．2007 用MXAN拟合钩端螺旋体去甲酰化酶XANES谱丰 郭晓云 储旺盛。龚为民。董宇辉 谢亚宁 杨飞飞。 MaurizioBenfatto 吴 自玉 ；’ 1(中国科学技术大学生命科学学院 合肥 230026) 2(中国科学院高能物理研究所 北京 100049) 3(中国科学院生物物理所 北京 100101) 4(InstitutoNazionalediFisicaNucleare，LaboratoriNazionalidiFrascati，P．O．BoFrascati，Italy) 摘要 钩端螺旋体去甲酰化酶(LeptospirainterrogansPDF)是一种重要的含锌金属蛋白酶，对钩端螺 旋体这一广泛存在的致病菌的蛋白合成起着关键的催化作用，是一个很好的药物设计靶蛋白．本文 测试了LiPDF在pH3．0的溶液状态下的x射线吸收近边结构 (XANES：X—RayAbsorptionNear—Edge Structure)谱，利用以从头计算 (ab．initio)的多重散射(MultipleScattering)为基础的MXAN方法确 定金属蛋白活性中心的精细结构．研究发现结合合适的初始结构模型，可以更好地重现LiPDF蛋白的 XANES曲线，从而能够得到更加准确的结构参数．活性中心的精细结构为理解LiPDF的pH依赖的催 化活性提供了结构基础． 关键词 钩端螺旋体去甲酰化酶 金属蛋白 XANES MXAN程序包 1 引言 属离子周围微弱的结构变化．X射线吸收谱学(XAS： X—RayAbsorptionSpectroscopy1是一种具有业原子 蛋白质的生物合成均起始于甲硫氨酸．在大多数 分辨率的局域结构研究方法，具有不受样品形态限 情况下，N端的甲硫氨酸在成熟蛋白中被去除．一般认 制、对金属离子具有选择性等突出优点，是研究金属 为只有在细菌中，N端 甲硫氨酸在蛋白合成之前被 甲 蛋白中金属活性中心精细结构的理想技术[1_-B】．XAS 酰化．在翻译后加工中，N端 甲硫氨酸只有先在去甲 曲线可以分为两个部分，一般将吸收边 以上50eV以 酰化酶 (peptidedeformylase，PDF)作用下去甲酰化， 内的吸收曲线称为X射线吸收近边结构(X—rayAb． 才可以被正确切除．研究表明PDF对于细菌存活是必 sorptionNear-EdgeStructure，XANES)，而吸收边以 需的．而在真核生物中，目前发现蛋白的翻译后加工 上50eV一直延伸到lkeV的区域称为扩展X射线吸收 工程不涉及PDF的作用．因此，PDF是一个很好的 精细结构谱 (ExtendedX．rayAbsorptionFineStruc— 药物设计靶蛋白．钩端螺旋体去甲酰化酶 (Leptospira ture，EXAFS)．对于低浓度的蛋白样品，EXAFS谱的 interrogansPDF)是一种重要的含锌金属蛋白酶，对 信噪比通常很差，使得其应用受到了很大的限制．而 钩端螺旋体这一广泛存在的致病菌的蛋白合成起着关 XANES谱不仅可以给出丰富的电子结构信息，还能 键的催化作用．LiPDF酶催化活性受到反应体系中多 够提供金属格点周围立体的几何结构信息．因此，人 种因素，尤其是pH值的影响． 们一直尝试克服理论计算X