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分子进化分析——  系统发生树的构建 系统发育树建立方法 NCBI——BLAST——输入序列对比——记录好以下几方面： 名 称： Uncultured bacterium clone YU201H10 序列号： FJ694683 /FJ694514 文 献： TITLE Circumpolar synchrony in big river bacterioplankton 序列长度：353 相 似 比： 99% 核酸序列 分类地位 打开软件clustalx CLUSTALX－是CLUSTAL多重序列比对程序的Windows版本。Clustal X为进行多重序列和轮廓比对和分析结果提供一个整体的环境。 序列将显示屏幕的窗口中。采用多色彩的模式可以在比对中加亮保守区的特征。窗口上面的下拉菜单可让你选择传统多重比对和轮廓比对需要的所有选项。 Clustalx比对结果是构建系统发育树的前提 具体步骤 根据需要，选定要比对的菌株及相应的序列。将序列COPY至记事本 1）File Load sequences 找序列 2）Alignment Do complete alignment Align 自动生成文件于桌面（序列所 在文件夹）. . aln是所需文件 * 分子系统发育分析 系统发育分析是研究物种进化和系统分类的一种方法，研究对象为携带遗传信息的生物大分子序列，采用特定的数理统计算法来计算生物间的生物系统发生的关系。并用系统进化树来概括生物间的这种亲缘关系。 * 系统发育进化树（ Phylogenetic tree) 用一种类似树状分支的图形来概括各种生物之间的亲缘关系。 系统进化树的主要构成： 结点（node)：每个结点表示一个分类单元（属、种群）。 进化分枝(Clade)： 是指由同一生物进化而来的单一系统群。 实体抽象为节点，实体间的进化关系抽象为连接 研究对象： 包括基因序列，基因组的排列方式，二级结构，编码的蛋白序列及高级结构等 分子系统发育的核心是——构建系统发育进化树 分子系统发育分析 * 人 猩猩 狒狒 外 群 分支 长度 根 进化支 结 点 系统发育进化树示例 结点：表示一个分类单元。 进化支：两种以上生物（DNA序列）及其祖先组成的树枝。 进化分支长度：用数值表示的进化枝的变化程度（遗传距离） 距离标尺：生物体或序列之间差异的的数字尺度。 根：所有分类的共同祖先。 外群：一个或多个无可争议的同源物种,与分析序列相关且具有适当的亲缘关系 距离标尺 一个单位 系统进化树 0.5 * 找到建树目的基因（基因组） 进行多序列比对 选择建树方法 建立进化树 进化树评估 系统发育树构建分析步骤 * ClustalX （序列比对软件） ModeltestMrModeltest(碱基替换模型筛选软件) PHYLIP MEGA PHYML PAUP BEAST Figtree (树形显示软件） TreeView （树形显示软件） 系统发育树构建软件 系统发育树构建的相关软件 * Distance-based methods 基于距离的方法 Unweightedpair group method using arithmetic average (UPGMA) 非加权分组平均法 Minimum evolution(ME)最小进化方法 Neighbor joining(NJ)邻位归并法 Character-based methods 基于特征的方法 Maximum parsimony(MP)最大简约法 Maximum likelihood method(ML)最大似然法 计算速度 距离法 最大简约法 最大似然法 系统发育树构建的基本方法 * *