生物学数库及其检索.pptVIP

* * SWISS-PROT数据库内容 核心数据：包括蛋白质序列、引用文献、分类信息等。 注 释：包括结构域、功能位点、跨膜区域、二硫键位置、翻译后修饰、与其它蛋白质的相似性等。 SWISS-PROT将广泛收集的相关数据进行合并，且与蛋白质三维结构数据库（PDB）等其他数据库交互索引。 通过SWISS-PROT数据库可以得到某蛋白质的序列，再通过交互引用从PDB数据库得到其结构。SWISS-PROT数据由数据行排列组成，数据格式与EMBL数据库数据格式基本相同。 2. PIR PIR的子数据库： 蛋白质序列数据库（PIR-PSD） 蛋白质分类数据库（iProClass） 非冗余的蛋白质参考资料数据库（PIR-NREF） PIR数据库按照数据性质和注释层次分四个部分： PIR1序列已经验证，注释最为详尽； PIR2为尚未确定的冗余序列； PIR3序列既未检验，也未注释； PIR4序列来自其它渠道，既未验证，也无注释。 美国国家生物医学研究基金会与国际蛋白质信息中心（PIR-International）共同维护。 PIR是第一个蛋白质分类和功能注释数据库 PIR作用： 提供基于文本的交互式检索、序列相似性 搜索以及结合序列相