局域网环境下的虚拟筛选网格平台搭建.pdf

Computer Engineering and Applications 计算机工程与应用 2012 ，48 （7 ） 95 局域网环境下的虚拟筛选网格平台搭建 李正夫，郭 权，邹 翔，王 亮 LI Zhengfu, GUO Quan, ZOU Xiang, WANG Liang 大连东软信息学院 计算机科学与技术系，辽宁 大连 116023 Department of Computer Science and Technology, Dalian Neusoft Institute of Information, Dalian, Liaoning 116023, China LI Zhengfu, GUO Quan, ZOU Xiang, et al. Construction of virtual screening grid based on local area network. Computer Engi- neering and Applications ，2012 ，48 （7 ）：95-98. Abstract ：Virtual screening is very important in the field of Computer-Aided Drug Design （CADD ）. However, its computational work is very huge. The virtual screening grid is constructed by normal PCs in Local Area Network （LAN ）. It can provide very powerful com- putational capability. Compared with parallel computers, its cost is very low. It utilizes idle resources of every computational node. And each node own work will not be affected. Properly reducing calculation granularity can make the load of each node better, because of the low communication cost in LAN. Though this way, the handling capacity of this grid platform is improved. Time consumes both on this platform and traditional computing way are compared. The result shows that this platform can provide very good computing perfor- mance when doing virtual screening. Key words ：grid; drug filter; molecule docking; local area network 摘 要：在计算机辅助药物设计中，虚拟筛选是非常重要的一种方法，但其需要的计算量非常巨大。虚拟筛选网格平台，是在局 域网环境下使用普通的PC 机进行搭建的，可以提供很强的计算能力。相比于并行机而言，它的成本非常低廉。使用的是各个计 算节点的空闲资源，并不影响计算节点的自身实际工作。针对局域网的通信成本低的特点，通过适当地减小计算粒度，更好地平 衡了计算节点的负载，提高了网格平台的处理能力。在平台上进行了分子筛选实验工作，并与传统计算方法进行时间上的对比 分析，结果表明该网格平台在进行虚拟筛选时能够提供非常好的计算性能。 关键词：网格；药物筛选；分子对接；局域网 DOI ：10.3778/j.issn. 1002-8331.2012.07.024 文章编号：1002-8331（2012 ）07-0095-04 文献标识码：A 中图分类号：TP309 近些年来，随着计算机虚拟药物筛选的兴起，新药的研究 和受体在结合时，存在着静电相互作用、氢键相互作用、范德 和设计进入了一个新的时代。计算机虚拟筛选可以显著地缩 华相互作