Full-GenomeExpressionProfiles之15个主要类别圆饼图表示出各类.PPTVIP

Functional Discovery via a Compendiumof Expression ProfilesCell, Vol. 102, 109–126, July 7, 2000, Copyright 2000 by Cell Press 指導教授:萬書言 姓名:黃笠宸 文章目標 以實驗去預測出細胞功能 建立了可做為概要的實驗資料庫 酵母菌的300種不同突變，以及在不同環境下的情形 microarray Whole-genome expression使用microarray microarray 製造原理 將對偶鹼基序列 – 探針 (probe) – 放置在微晶片(microchip) 上 Lecture 4 Microarray Analysis Alizadeh et al. Nature 403 (2000) 503-511 microarray 應用原理 將樣品 (sample) 液體倒在微晶片上 利用互補鹼基雜交作用(hybridization) 的原理 Lecture 4 Microarray Analysis Alizadeh et al. Nature 403 (2000) 503-511 條件和環境影響 現在的gene expression實驗，針對特定的條件或環境 EX:Chu et al. (1998)證明某個沒有特徵的基因，是誘發酵母菌完成孢子形成功能的 Expression profile 分子生物學中，一次顯示出上千種基因活動的資料 細胞如何與特殊的環境反應 提供了廣泛的顯型個體: 不同細胞分裂步驟中的相同pathway有類似的轉譯作用 Expression profile 轉譯反應資料齊全，大部分的細胞組成pathway、新奇的突變體 可藉由 “single genome-wide expression測定”來完成特徵化 Expression profile 超過4%有突變的酵母菌所有基因之Full-Genome Expression Profiles之15個主要類別 圓餅圖表示出各類的基因總數 Subclassification of Mitochondrial Dysfunction Mutants by Expression Profile 加入葡萄糖的(YPD)與甘油(YPG)的以及YPD +50 mM CaCl2、 YPD +10 mM FeSO4。 其中，YPD和YPD +50 mM CaCl2培養在30˙C的環境兩天，YPD+10mMFeSO4培養在30˙C三天，YPG培養在30˙C三天 上圖說明了酵母菌的mutation 在不會發酵的培養液中無法增大 像是甘油(YPG) 也說明了含有檸檬酸的基因，可能不是主要跟鐵質產生調控作用的物質，所以也沒有對鈣或鐵質的敏感性，像是vma8 和cup5 透過這個實驗 ，原本的這些預測都被證實 驗證了subclassifications on the profile clustering tree的預測能力 Subclassification of Mitochondrial Dysfunction Mutants by Expression Profile Yer050c類似於細菌核醣體的子單元S18 Yhr011w類似於細菌seryl-tRNA的聚合物 Ymr293c類似於細菌glutamyl-tRNA的氨基轉移子 這些基因都表現出跟細菌有很類似的功能與行為 Subclassification of Mitochondrial Dysfunction Mutants by Expression Profile 實驗內容 對酵母菌做出300種mutation 和chemical treatments 的實驗 three hundred full-genome expression profiles in S. cerevisiae cells were grown at 30oC in liquid synthetic complete (SC) medium plus 2% glucose to mid-log phase 所有的實驗都在同樣一個生長條件下進行 可看出許多基因的Coregulated Sets 允許分析細胞組成步驟中的轉譯反應和特定的基因 實驗內容 每多畫一個球要重複的部分 vtkSphereSource、vtkPolyDataMapper、vtkActor、 ren1-AddActor(aSphere); 意義:把vtkActor設定給vtkRenderer，每個Actor都要這樣做 動態產生使用者要求的球數 動態陣列的寫法 vtkSphere