topha与cufflinks地处理流程.doc

实用标准文案 精彩文档 topha与cufflinks的处理流程 第一个推荐：/2012/11/10/4712.html 今天一个同学给我推荐一篇Nature Protocol 上文章，关于 HYPERLINK /tag/%E8%BD%AC%E5%BD%95%E7%BB%84 \o View all posts in 转录组 \t _blank 转录组 HYPERLINK /tag/%E5%B7%AE%E5%BC%82%E8%A1%A8%E8%BE%BE \o View all posts in 差异表达 \t _blank 差异表达分析。尚在正式通读之前习惯性浏览一遍图表，说实在这篇文章着实让我觉得有点“另类”。这是一篇活生生的利用Bowtie、 HYPERLINK /tag/tophat \o View all posts in tophat \t _blank tophat和 HYPERLINK /tag/cufflinks \o View all posts in Cufflinks \t _blank Cufflinks做 HYPERLINK /tag/%E8%BD%AC%E5%BD%95%E7%BB%84 \o View all posts in 转录组 \t _blank 转录组 HYPERLINK /tag/%E5%B7%AE%E5%BC%82%E8%A1%A8%E8%BE%BE \o View all posts in 差异表达 \t _blank 差异表达分析的protocol。里面详细讲解每一步需要分析什么，用哪些些软件，已经相关命令和参数。 根据文章介绍的workflow，做 HYPERLINK /tag/%E8%BD%AC%E5%BD%95%E7%BB%84 \o View all posts in 转录组 \t _blank 转录组分析，无论是链特异性 HYPERLINK /tag/%E8%BD%AC%E5%BD%95%E7%BB%84 \o View all posts in 转录组 \t _blank 转录组数据（Strand-specific RNA-seq）还是非特异性数据，主要内容包括下面几个部分： 1）reads mapping，这里面推荐两款软件一个是Bowtie，另一个是 HYPERLINK /tag/tophat \o View all posts in tophat \t _blank tophat（此软件相对于Bowtie或者bwa，可以识别转录本的可变剪接） 2） HYPERLINK /tag/%E8%BD%AC%E5%BD%95%E7%BB%84 \o View all posts in 转录组 \t _blank 转录组本组装（利用 HYPERLINK /tag/cufflinks \o View all posts in Cufflinks \t _blank Cufflinks），转录本与已有基因组注释比较（利用Cuffcompare）、合并（利用Cuffmerge）， HYPERLINK /tag/%E8%BD%AC%E5%BD%95%E7%BB%84 \o View all posts in 转录组 \t _blank 转录组本 HYPERLINK /tag/%E5%B7%AE%E5%BC%82%E8%A1%A8%E8%BE%BE \o View all posts in 差异表达 \t _blank 差异表达分析（利用Cuffdiff）。 下面附上原文中的两张图片供大家快速预览 HYPERLINK /tag/%E8%BD%AC%E5%BD%95%E7%BB%84 \o View all posts in 转录组 \t _blank 转录组分析大致过程，其中图1是 HYPERLINK /tag/%E8%BD%AC%E5%BD%95%E7%BB%84 \o View all posts in 转录组 \t _blank 转录组分析中可能会用到的软件以及相关功能，图2：是转录本分析的一般流程。 图1 图2 ?关于 HYPERLINK /tag/%E8%BD%AC%E5%BD%95%E7%BB%84 \o View all posts in 转录组 \t _blank 转录组分析的相关软件在分析数据过程中的命令和参数，这里就不附加上来了，请大家直接阅读原文。 第二个推荐： HYPERLINK /blog-777771-609782.html \t _blank /blog-777771-609782.html? 在转录组高通量测序数据分析过程中，主要就是转录本的构建（拼接）及表达水平的衡量，其次还包括可变剪接之类的转录后修饰等研究分析。因此，做过RNA-seq转录组测