Plink命令汇总情况情况.docVIP

实用标准文案 精彩文档 关联分析步骤个人总结，还一些问题待解决 已有 1570 次阅读?2013-2-6 20:34?|个人分类: HYPERLINK /home.php?mod=spaceuid=797870do=blogclassid=160696view=me 科学笔记|系统分类: HYPERLINK /home.php?mod=spacedo=blogview=alluid=797870catid=1 科研笔记|关键词:安装 软件 个人总结 style ? 希望查看此贴的同仁们对步骤提出改进，指出不足，谢谢！ ? ? 一、软件安装和存放 ? 1.???????将plink文件直接放在D盘?；将map和ped文件拷贝到plink文件下面，保证和在一起； 2.???????Ped文件的格式和map文件都是先弄成txt文件，再直接更改文件后缀。可以在excel里先将需要的格式把数据排列好，再将excel保存为txt，再改txt后缀为ped或map. 1）?(.PED)?文件的前六列是强制的格式，依次为： ped文件包含内容的顺序依次为以下 信息备注 Family ID 可以用1,2,3,4……表示 Individual ID 用入库编号表示 Paternal ID 可以用0表示 Maternal ID 可以用0表示 Sex 1=male; 2=female; other = unknown Phenotype control设定为1，case设定为2 Genotype 如A T，中间空一格，缺失用0补平 2）?(.MAP)?文件包括以下的四项： map文件包含内容的顺序依次为以下 信息备注 chromosome 1-22, X, Y or 0 if unplaced rs# or snp identifier rs号 Genetic distance (morgans)? 可以用0代替 Base-pair position (bp units) 用NCBI上的染色体起始位置 3）协变量信息：?协变量先单独建立一个文件，要txt格式的，比如有10个协变量，我命名为var01.txt。 这个文件必须放在和ped，map和plink.exe文件一起。Var文件是先在excel格式里面整理好，删除第一行协变量的表头，但自己要单独记下来每列代表的意思，然后转化成txt文本格式，就是另存为txt。 顺序依次为：family ID，个体ID，后面就是协变量了（number1-10），空缺的信息的用-9补全。 ? 二、软件启动 开始——运行——cmd C:\Documents and settings\Administratorcd C:\Documents and settings\Administrator C:\Documents and settings\Administratord: D:\cd plink ? 三、软件运行的命令?前提是冠心病数据文件分别为1.ped和1.map；用file1?和bfile 3的结果相似，那些限制性条件只是去掉了3个对照；单倍型分析，在同一染色体上且位置较近的SNP分析单倍型才有效，不同染色体上SNP的分析那是联合效应分析 运行命令 功能 plink --file 1 --make-bed --out 2 转成二进制文件，2即为二进制文件了 plink --bfile 2 --maf 0.01 --geno 0.05 --mind 0.05 --hwe 0.001 --make-bed --out 3 设定过滤数据 plink --bfile 3 --filter-controls –hardy 计算control的hw，将hwe0.05的位点过滤掉，23个SNP又去掉了2个SNP plink --bfile 3 --assoc --adjust --out assoc1 等位基因的关联分析，每运行后及时更改文件名称（assoc1+时间） plink --bfile 3 --filter-females –assoc --adjust --out 333 女性样本关联分析 plink --bfile 3 --filter-males –assoc --adjust --out 444 男性样本关联分析 plink –bfile 3 –assoc–perm?? permutation检验，就是模特卡罗模拟分析经验性的P值 plink –bfile 3 –all --missing 缺失率或得出率（call rate）分析，查看log文件结果 plink –bfile 3 –model –out model 1 默认是卡方检验 plink –bfile 3 –model –fisher fisher