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基于nrdnaits序列对东北地区丁香属植物系统发育关系的研究-园林植物与观赏园艺专业论文
摘要在进行植物分予系统学研究过程中,选择进化速率适宜的基因或DNA片段对于系
摘要
在进行植物分予系统学研究过程中,选择进化速率适宜的基因或DNA片段对于系 统发育关系的推断十分重要。由于植物细胞核核糖体内转录间隔区(nrDNA ITS)进化 速率较快,可以提供较丰富的信息位点,目前己被广泛应用于研究被子植物近缘属间、
种间等分类阶元的系统发育关系。国内外学者在丁香属内各分类群间的系统发育关系问 题上存在着较多的分歧,尤其是对于属内类群的基部分支问题及Subgenus Ligustrina的 系统发育位置问题有较大的争议,因此有必要进行深入的探讨。
本研究以rtrDNA ITS序列为研究对象,对东北地区11种主要丁香属植物和1个外 类群的ITS区全序列进行了测定,利用系统发育分析软件MEGA2.1对测得的数据及 GenBank中已发表的丁香属植物ITS序列数据进行了分析。所得结果如下:
1.通过引物设计、PCR、克隆、测序、序列的同源性比对及聚类分析,得到了东北 地区11种丁香属植物和1个外类群的ITS序列,并进行了相应的系统发育分析。
2.在东北地区的11种丁香属植物中,ITS转录问隔区(包括ITSl和ITS2)内信息 位点达到6.3%。在对包括GenBank中己发表的属内所有rrs区序列进行综合分析时, 数据集的信息位点达到12.2%。由此可见,在整个丁香属内,ITS区序列信息位点比较 丰富。从分支分析的结果来看,属内各类群的划分与形态划分具有较高的一致性,证明 ITS区可以为解决丁香属植物的系统发育问题提供较强的证据。
3.在依据形态特征进行的属内类群划分中,Subgenus Ligustrina因具有花冠管短于 花萼、花丝伸出花冠之外这一主要特征,而与其余所有类群形成姐妹群关系。在分子系
统树中,Subgenus Ligus护ina并没有成为系统树的基部分支,即没有与其它所有类群构 成姐妹群关系。在分别采用UPGMA、NJ及MP三种不同构树方法构建的分予系统树
中,Subgenus Ligustrina均位于Subgenus Syringa内部,由此推断Subgenus Ligustrina可 能起源于SubgenusSyringa内部,而并非是丁香属内最早分化的类群。
4.在对东北地区11种丁香属植物的分析中,基于ITS序列数据的系统树以较高的 自展支持率(bootstrap90%)支持传统分类中对丁香属下Subgenus L堙ustrina、Sedes
Syringa、Series Pubescentes和Series Hllosae四个类群的划分;但在组合数据集中
Subgenus Syringa中的Series Hllosae没有形成一个很好的单系类群,其余三个系和 SubgenusLigustrina均以较高的自展支持率形成各自的单系类群。
5.在对东北地区11种丁香属植物的系统发育分析中,Series Hllosae以较高的支持 率成为属内的基部分支。在对包括22种丁香属植物的50条ITS序列数据进行的综合分 析中,Series 14llosae仍为基部分支,但没有获得较高的支持率。由此推断Series Hllosae可能是丁香属植物演化过程中最早的分化类群。
东北林业大学硕士学位论文6。对丁香属内各分支间的系统发育关系作出如下推断:基部分支为Series
东北林业大学硕士学位论文
6。对丁香属内各分支间的系统发育关系作出如下推断:基部分支为Series Mllosae,与其余所有类群构成姐妹群关系;Series Pubescentes与Subgenus Ligustrina形 成姐妹群关系;Series Pinnatifoliae与Series Syringa形成姐妹群关系:由Series Pubescentes与Subgenus Ligus打ina形成的分支和由Series Pinnatifoliae与Series Syringa 形成的分支间为姐妹群关系。其中Series Pinnatifoliae与Series Syringa间姐妹群关系的 自展支持率最高,其余分支间的支持率也达到50%以上。
关键词丁香属; ITS序列;系统发育;属内关系
AbstractIt’s
Abstract
It’s significant using genes or sequences with fitful evolutional ratio to infer the phylogenetic relationships in molecular phylogenetics.Sequences of the internal transcribed spacer(ITS)of nuclear ribosomal
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