南开之星内部资料.pdfVIP

第 2 版 南开之星内部资料 南开科学计算研究所 陈沛全 杨 杰 闵雪宾 向兵编 南开科学计算研究所系统管理组 用户手册 © 南开科学计算研究所 电话 022 E-mail: isc@ “南开之星”用户手册 目 录 目 录 I 第 1 节 “南开之星”简介1 第 2 节 “南开之星”的帐号申请1 第 3 节 “南开之星”的登陆方式2 3.1 Windows 操作系统的登陆方法2 3.1.1 Putty 的简介 2 3.1.2 Putty 的设置 2 3.1.2 “南开之星” 的登陆3 3.2 Linux 及其它 Unix 类操作系统的登陆方法4 第 4 节 “南开之星”的数据传送方式6 4.1 Windows 操作系统下的数据传送6 4.2 Linux 操作系统下的数据传送 8 第 5 节 “南开之星”的常用软件配置9 5.1 程序编译及开发软件9 5.1.1 串行作业编译器9 5.1.2 并行作业编译器(一)——MPICH9 5.1.3 并行作业编译器(二)——PVM10 5.1.4 并行作业编译器(三)——LAMMPI 10 5.2 常用数学库10 5.2.1 Intel MKL 数学库10 5.2.2 Goto 数学库10 5.2.3 FFTW 数学库 10 5.2.4 PETSc 数学库 11 5.2.5 ISML 数学库 11 5.2.6 Lapack 数学库 11 5.3 一些应用软件 11 5.3.1 量子化学软件 Gaussian 03 11 5.3.2 量子化学软件 GAMESS 11 5.3.3 分子动力学模拟软件12 5.3.4 天气预测模拟软件 MM512 5.3.5 并行有限元程序自动生成系统 PFEPG 12 5.3.6 Netcdf 软件12 5.3.7 cam2.0.1 12 5.3.8 GULP1.3 13 第 6 节 “南开之星”的程序编译示例14 6.1 编译环境的设定14 6.2 编译实例14 6.2.1 C/C++编写的 MPI 程序14 6.2.2 Fortran 77/90 编写的 MPI 程序 15 第 7 节 “南开之星”的节点状况及作业队列设置16 I