2018年基因启动子分析.docVIP

基因启动子分析 　　基因启动子分析 　　一：克隆目的基因基本启动子序列 　　　　我们都知道，基因的基本启动子一般是在基因转录起始位点上游，当一个基因在没有确定其转录起始位点的时候，我们假定NCBI上提交的序列就是他的完整转录本，那么他的第一个碱基就是他的转录起始位点。而基因的基本启动子一般就是在转录起始位点的上游2000bp左右和下游200bp左右，当然,这个是一般情况,具体问题还要具体分析.尤其现在发现一般的基因都是有几个转录起始位点的. 　　我们通过该基因mRNA序列和基因组序列BLAST，就能够在染色体上找到这段基因组序列。我这里用human的AGGF1基因做个例子给大家具体演示一下. 　　1 首先需要在NCBI里面查找到AGGF1基因的mRNA序列,这个我想大家都应该很清楚, 　　如下图. 　　　　2 然后就是用这段mRNA序列和人类的基因组序列BLAST 　　　　3 BLAST得到了很多结果，我们往往选择最上面那个最匹配的结果。 　　　　4 点击之后就可以看到下图，这个基因的14个外显子和13个内含子在5号染色体上的位置一目了然，第一个外显子在上面，说明这个基因在染色体上是正向的，基本启动子就应该在第一外显子上面，我用红色的方框标明了。 　　　　5 大家有没有注意到左上方有个数据框，我把数值改为76,360K 到 76,362.200 ,刚好2200BP,包括了第一个外显