分 子动力学 观察运动中物体.pdfVIP

1. 导论 从原子水平对聚集体系的结构和动力学性质进行了解是极其重要的，这可以 极大地促进我们对复杂分子体系内部机制的理解。但在许多情况下，我们无法通 过常规的实验方法了解体系具体的微观状态。在过去的十年中，得益于计算资源 爆炸式的增长以及一批高效算法的出现，用理论化学方法研究越来越复杂的超分 子体系已成为了可能。 本教程的主旨在于分析理论化学中的分子力学统计模拟部分。这种模拟的目 的在于通过计算机实验来模拟凝聚相中的原子细节。目前已有多种方法用于此类 模拟，如分子动力学(Molecular Dynamics, MD)，随机动力学(Stochastic Dynamics, SC)及其特殊情况— 布朗动力学(Brownian Dynamics)或朗之万动力学(Langevin Dynamics)又或蒙特卡洛(Monte Carlo, MC)模拟。我们可以将这些不同的理论途 径视为联系宏观实验观测与其相应微观状态的桥梁。在下面的内容中，我们将主 [1] 要关注分子动力学模拟 。 1.1. 从微观世界到介观、宏观世界 为了将微观系统的性质和宏观相的性质联系起来，我们需要消除由于模拟空 间的有限性所带来的边界效应。在实际工作中，我们采用周期性边