后缀树石的应用.pptVIP

第4章 后缀树的应用 精确字符串匹配问题 最长重复子串问题 最长公共子串问题 DNA污染问题 多字符串的公共子串问题 遇难者身份识别问题 最长公共前缀问题 回文问题 ...... 后缀树的应用 精确字符匹配（ESM） 生物应用 识别DNA序列中的起始密码子ATG（RNA的转录翻 译起始点） 问题定义 给定长度为n的字符串S, 对任意长度为m的查询Q, 要 求发现S中所有Q的发生位置 后缀树的应用 精确字符匹配（ESM） 解决方案 预处理：构建字符串S的后缀树 O(n) 查询： 自根向下, 根据路径标识向下匹配查询Q至节点x。如果不存在这样的节点x, 则Q不在S中。 O(m) 节点x的子树中, 每个叶子对应Q在字符串S中的一个发生。对节点x的子树, 需要一次遍历。 O(k) 后缀树的应用 精确字符匹配（ESM） 例 给定S=acacag, 发现S中所有Q=aca的发生和Q=acc的发生。 后缀树的应用 最长重复子串（LRS） 生物应用 DNA序列中的重复子串，可以相邻，也可以分离， 常被用来作为“标记位点”（绘制遗传图、体细胞杂合） ，许多疾病也是由具有某种结构的重复序列引起的 问题定义 给定长度为n的字符串S，发现其中的最长重复子串 后缀树的应用 最长重复子串（LRS） 解决方案 构建字符串S的后缀树 O(n) 遍历后缀树发现最深的内部节点v O(n)