DNA计算与基于DNA的软计算-Read.ppt

第八章 DNA计算与基于DNA的软计算 内容简介 一﹑概述 1.DNA的结构与功能 2.DNA计算的产生及其研究手段 3.DNA计算的研究方向 二﹑DNA计算与DNA计算机 1.DNA计算的原理 2.HP和SAT问题 3.DNA计算的优点及存在的问题 三﹑DNA计算与软计算的集成 1. DNA计算与进化计算 2. DNA计算与模糊系统 3. DNA计算与神经网络 4. DNA计算与人工免疫系统 四﹑小结 主要内容 一﹑DNA计算的产生 1.生物背景 自然界中生物的多样性及物种的独特性都是由生物体 中的遗传物质脱氧核糖核酸（DNA）决定的。DNA中的4 中碱基，腺嘌呤A，鸟嘌呤G，胞嘧啶C和胸腺嘧啶T，各 种不同的碱基间的不同组合就构成了异常丰富的遗传信息。 DNA含有大量的遗传密码，通过生化反应传递遗传信息， 而这是生命现象的基本特征之一。近10年来，DNA科学的 迅速发展对生命科学，医学等方面带来了巨大的影响。 DNA是重要的基因物质，在遗传和基因调控方面起着 关键的作用。DNA通过复制将信息传递给后代，也可通过 RNA的信息指导蛋白质的合成，由此决定生物的各种 形态和生理特征，还可调控生物的生长﹑发育﹑生命 活动和功能作用。 DNA链主要是由一个脱氧核苷酸上的 -磷酸基和 另一个脱氧核苷酸核糖上的 -羟基共价连接而成。 DNA由两条极长的核苷酸键利用碱基之间的氢键结合 在一起形成一条双股的螺旋结构，且一股中的碱基序 列与另一股中的碱基序列互补。A与T配对，C与G配对。 DNA的两个最主要的功能：第一个功能是转录成 RNA，再转译成蛋白质；第二个功能是自我复制， DNA以本身为模板，复制出另一个相同的DNA。每个 染色体是一段双螺旋的DNA。遗传信息以A﹑T﹑C和 G在核苷酸中的排列顺序而体现，其排列序列的多样性体 现了丰富的遗传信息。 模板链 DNA CGT GGA TCA ACT TTT GCC 复制 GCA CCT AGT TGA AAA AGG DNA RNA 转录 CGU GGA UCA ACU UUU GCC mRNA 蛋白质 翻译 Arg Gly Tyr Thr Phe Ala 蛋白质 图1 DNA到蛋白质的形成过程 2. 产生过程 20世纪的科学史上产生了两件及其重要的事：一是计 算机芯片的出现，使电子元器件集成化，从而导致计算机 技术的飞速发展及信息产业的诞生；另一件是生命信息芯 片的出现，将生命信息集成。生命信息芯片分为DNA(基 因)芯片﹑蛋白质芯片﹑免疫芯片和药物芯片。既然DNA 能做成芯片，那么DNA能否进行计算。考虑到现有的计算 机是建立在二进制编码基础之上的，如果找到一种方法在 DNA的4字母表{A,T,C,G}基础上进行编码，对问题进行描 述，并运用生物工具和技术处理能否达到计算的目的。 1994年，Adleman在Science上发表了一篇开创性的文 章<<Molecular Computation of Solutions to Combinatorial Problem>>，提出了DNA计算的概念，并成功的解决了具 有7个节点的Hamilton路径问题，指出了DNA计算潜在的 巨大并行计算能力及亟待解决的问题，从而开创了DNA计 算机的新纪元。1995年Lipton也在Science上发表文章，论 证了DNA计算可解决SAT问题。自此，DNA计算引起了国 际上许多学者的关注与兴趣并开展了相关的研究。 DNA计算是一种关于计算的新的思维方式，同时也是 关于化学和生物的一种新的思维理念。DNA计算机可行性 基于以下原因：尽管生物和数学各有其复杂性，但它们的 共性在于生物体具有的复杂结构是DNA序列中的编码经过 一系列简单