植物代谢组.ppt

Example: Fiehn(2003)利用GC/MS对笋瓜(Cucurbita maxima ‘GelberZentner’)的叶柄脉管抽提物和叶片抽提物进行了代谢物分析,得到了400多个峰,通过与质谱数据库比对,对其中一小部分进行了定性,初步判断为何种物质;比较了叶柄与叶片间代谢物组分的不同。 值得注意的是,即使个体中每种代谢物的量变化很大,其各组分间的比值也能一直维持稳定,这说明了植物中的代谢物虽然种类繁多,但都是互相关联的。 植物利用复杂的机制来维持体内主要代谢物相对稳定的水平。对代谢组的分析力求可检测样品中每种代谢物,并可监测各种条件变化下代谢物的变化,这是进行功能基因组学研究的基础。 2、代谢途径的描述 在对某一代谢途径中所有代谢物进行了系统研究后,下一步工作就是对代谢途径的描述。在找到该途径一系列底物、产物、中间体和关键酶的基础上,阐明这条代谢途径的调节机制和关键调节位点。 用代谢组学手段可以方便地找到调节位点——因为在该处,底物和关键酶的浓度将会发生相反的变化。 For example: Tiessen等(2002)用HPLC对马铃薯块茎进行了代谢组分析,检测了淀粉合成途径中的一系列底物、中间物、酶及产物量的变化,再通过对野生株和含有异源腺苷二磷酸葡萄糖焦磷酸化酶(AGPase)转基因株马铃薯进行对比研究,提出了淀粉合成途径中一种新的调节机制——在离开母体情况下,马铃薯块茎中淀粉合成关键酶AGPase的催化亚基AGPB会发生可逆的氧化还原反应形成二聚体,使AGPase失活,从而抑制淀粉生成。 目前,代谢组学应用于此方面的研究报道尚不多见,主要原因是确定代谢途径比测定代谢物更为困难,往往只能进行间接的定性估计,从一个个点的代谢物到一条完整的代谢途径还有很长的路要走。 3、基因功能研究 代谢产物是基因表达的终产物,基因表达上极微小的变化也可导致代谢物的大幅改变。以前往往通过可见的表型改变来判断基因表达水平的升降,耗时较长,且有时候基因表达变化无法引起表型改变,而此时植物体中某些代谢产物的含量却会发生变化。这时,利用代谢组学方法检测代谢物的变化就可以判断基因表达水平的变化,从而推断基因的功能及其对代谢流的影响。 Lytovchenko等(2002)通过对马铃薯叶片大量代谢物,特别是光合作用途径中的中间体和终产物进行分析,研究了质体葡萄糖磷酸变位酶(plastidial phosphoglucomutase)基因在光合作用中对碳流的影响,发现在其表达水平低的情况下,虽然植物表型没有变化,但是植物组织中的淀粉、糖和有机酸的含量都有一定降低。这说明质体葡萄糖磷酸变位酶基因表达水平的变化对植物的几条主要代谢途径都有很大的影响。 4、与转录组学和蛋白质组学技术整合 转录组学、蛋白质组学和代谢组学是一个有机的整体,它们都是系统生物学(system biology)的重要组成部分。 生物信息是按DNA→mRNA→蛋白质→代谢产物方向流动的,将所获得的这几者的信息联系起来,有利于从整体研究生物系统对基因或环境变化的响应,如可判断代谢物的变化是从哪一个层面开始发生的。 * 植物代谢组学及其应用 河南农业大学生命科学学院 赵会杰 目 录 一、植物代谢组学的概念和意义 二、代谢组学在系统生物学中的地位 三、植物代谢组学的研究方法 四、代谢组学在植物科学中的应用 五、展望 一、植物代谢组学的概念和意义 1、概念 生物学中“组”的概念： ◆“组”：来源于希腊语ome，意指每个、所有、全部。 ◆以它为后缀最先用于基因组：genome,指一个物种的全部遗传组成。 ◆自基因组学概念提出后，带组学（omics)的概念出现有200多种。如蛋白组学、代谢组学等。 近年来,随着生命科学研究的发展,尤其是完成拟南芥(Arabidopsis thaliana)和水稻（Oryza sativa)等植物的基因组测序后,植物科学发生了翻天覆地的变化。有人说生命科学研究跨入了后基因组时代。 人们已经把目光从基因的测序转移到了基因的功能研究。在研究DNA的基因组学、mRNA的转录组学和蛋白质的蛋白组学后,接踵而来的是研究代谢物的代谢组学。 代谢组： 是指细胞或者生物体内的所有代谢物的总和，也有人将它定义为细胞、组织、器官或者生物体内的所有小分子代谢组分的集合。 代谢组学： 通过大量代谢成分的定性、定量分析来定义生物体的生化表型(代谢表型)及其与基因型的关系，从而为研究基因功能、诠释生命现象提供大量的代谢信息，这就是代谢组学（metabolomics)。 2、意义 ●通过研究不同物种的代谢产物 ,可以指导植物