GEO数据库知识简介.pptVIP

数据集组和表达谱的关系 在GEO DataSets中每个数据集组个体都各自确定一个实验，而在GEO Profiles中每个数据集组都对应多个表达谱个体。 GEO数据的数据检索——方法 从GEO数据库主页面右侧找到搜索栏，直接输入要查找信息的关键词或者检索词，如“mir29a”或者“GDS2225 AND fto”，就会搜索到相应的DataSets和Profiles。 从主页面右侧直接打开库浏览器，从中按照不同的“系列”、“平台”、“样本”、“物种”、“历史”来进行选择需要的数据类型。 直接从GEO数据库的ftp服务器下载。/geo/ GEO数据的数据检索——方法 直接从NCBI主页用Entrez进行检索。 GEO数据主要存放在GEO DataSets和GEO Profiles两个数据库内。 GEO数据的数据检索——关键词 GEO可和其他NCBI数据库一样用标准关键词的方法和基于文本布尔检索、基于序列检索、基于特有表达行为挖掘检索或结合这些参数来进行检索查询 例如：在GEO DataSets中可以用检索词“prostate cancer AND human[Organism] ”寻找有关人类前列腺癌微阵列实验数据集。 GEO数据的数据检索——关键词 例如：在GEO Profiles数据库中可以用检索词fto[Gene Symbol] AND （Smok*）搜索所有与吸烟相关并包含