20111120研究生专题椅子——关联分析.pptVIP

* * 影响关联分析的因素 LD 是关联分析的基础和前提,决定关联分析的精度和所选用标记的数量、密度，以及试验方案有关。 在全基因组扫描时，需要大量分子标记，据估计： 人类基因组进行全基因组的LD分析大约需要70 000个标记， 拟南芥需要6 000个标记， 玉米农家种则需要750 000个标记， 优良玉米自交系只需要50 000个标记。 五 影响关联分析的因素及解决策略 * * 群体结构指的是一个群体内存在亚群的情况。亚群的混合使整个群体的LD 强度增强,可能导致不连锁的基因多态性位点与性状的关联，从而得出假阳性结果。 假关联：位于不同染色体上的标记与性状存在关联。 五 影响关联分析的因素及解决策略 * * 解决策略 选择LD 程度高的群体进行全基因组关联分析，可减少使用的标记数量。 连锁分析和关联分析相结合对特定位点进行研究。根据连锁分析的结果，选择效应值比较大的位点，利用更多的标记进行LD 分析，对目标位点进行精细定位，然后根据已知基因组的信息选择适当的候选基因进行关联分析。 用实验设计和多种统计方法消除群体结构引起的假阳性。 * * 六 关联分析相关的软件 * * * * * * Spend a lot of time on this slide * * * * 不同玉米基因LD衰减距离不同 r2 * * B. 瓶颈效应、奠基者效应和遗传漂变增加LD 瓶颈效应使群体大小极端减少，导致变异减少，LD增加. 大多数作物在顺化过程中经历了至少一次‘瓶颈’。育种家的选择导致‘瓶颈效应’，如从很少的几个亲本材料中引入一个新抗病基因或农艺性状。 奠基者效应是一种特例，当一个物种在一个新环境生存下来，最开始的奠基者是非常小的一个群体– 仅仅是几个种子或几个家庭. 遗传漂变会增加LD。 * * The Bottom Line for Diversity Teosintes Maize Landraces Maize Inbred Lines Unselected Gene Domestication Gene Improvement Gene Plant Breeding Domestication In which category do the genes responsible for YOUR trait belong? 2 - 4% (~1200) of maize genes have undergone selection Selection Screens Very low genetic diversity Genes that contribute to agronomic traits have been targets of selection. * * C. Migration and population admixture 如果两个等位基因频率不同的群体混合，就会产生LD。 群体混合和迁移也会产生LD. 通常，迁移和混合产生群体结构，进行LD分析出现假关联问题。 * * D. Selection 当种群受到平衡选择( balancing selection) 的作用时, 群体中会存在两个或几个频率较高的等位基因。 当某个等位基因受到强烈的正选择作用(positive selection) 时, 其附近与之紧密连锁的位点上的等位基因频率也随着增加， 这样的现象被称为搭载效应(hitchhiking)或选择扫荡(selective sweep )。 * * * * * * Copyright ? 2007 by the Genetics Society of America Olsen, K. M. et al. Genetics 2006;173:975-983 Nucleotide variation across the O. sativa Wx genomic region on chromosome 6 * * 新产生的突变与其它位点之间存在LD: the new mutation only occurs on a single haplotype. 在随后的世代，重组产生新的单倍型，引起LD衰减； 紧密连锁的标记之间LD衰减需要很多世代. 在群体中，一个突变要经过很多交配世代后才能达到我们能检测的等位基因频率，所以我们通常观察到的多态性都是古老的变异. E. Mutation * * 关联分析有两种方法： 全基因组分析法：基于标记水平，通过对引起表型变异的突变位点进行全基因组扫描来实现，一般不涉及候选基因的预测。 候选基因法：基于序列水平，通过统计分析在基因水平上将那些对目标性状有正向贡献的等位基因从种质资源中挖掘出来，一般涉及候选基因的功能预测。 三 关联分析的