基因组研究-鸟兽学会-华大基因-樊伟-20101016.ppt

Short read assembly: de bruijn graph algorithm De novo测序与组装策略 测序策略：各种插入片段长度组合(pair-end测序) 组装算法：基于Kmer的de bruijn graph算法 当前illumina reads长度已达100bp,采用大Kmer技术(63bp)提高组装效果。 物种谱系进化关系与自然选择压力研究 基因家族进化与基因拷贝数研究 生物学问题的基因组学解释 大熊猫为什么吃竹子？ 蚂蚁为什么具有社会行为？ 同科或者同属内多个物种测序 对近亲物种进行集体研究，可以发现大量有意义的进化规律。 测序成本的降低，使大规模进行物种de novo测序成为现实。当前做一个哺乳动物基因组(3Gb)的成本约为350万人民币，做一个鸟类基因组(1.2Gb)的成本约为200万人民币。 华大提供打包测序优惠服务：测得越多，单个物种成本越低。 Re-sequencing, identify SNP, indel, SV 2008年 炎黄一号：第一个中国人 基因组图谱 飞跃：1%→10% → 100% 家蚕重测序项目 (家养蚕29种，野生蚕11种，各测3X) 大熊猫重测序 选取全国各区系的代表大熊猫以及博物馆中大熊猫样品约50种，每个进行6X以上全基因组测序。 探查大熊猫种群的多态性，群体结构，推断种群进化历史，为大熊猫保护提供科学依据。 分子育种研究中的问题 Discovery Typing Discovery, 必须靠sequencing; 而discovery工作完成之后，多数工作就属于Typing，既可以采用测序，也可以采用genotyping芯片。 Capture + sequencing == Genotyping 前者capture量的多少，相当于后者marker密度的高低。 具体采用哪种方案，取决于实验需要以及所需成本。 新型分子标记图谱 De novo测序 + 核心种质资源重测序,得到基因组参考序列，以及种群内全部的SNP，Indel和SV多态性信息。 利用多态性标记分析连锁模式，构建Haplotype图谱，挑选一套tag-site构建genetic map。 如果选用SNP,可用genotyping技术来分型；如果选择长度多态性(类似于SSR标记),则可仍然使用传统的PCR+电泳技术分型。 利用测序技术对作图群体进行分型 突变体或者单片段替换系测序 用物理或者化学诱变剂得到的突变体材料 突变位点弥散分布在整个基因组中，但是突变位点数很少。这时，可采用全基因组高深度测序(30X),来得到全部的突变位点，然后通过过滤筛除，得到起作用的突变位点。 用多代回交方法得到的单片段替换系材料 突变型与原型只有一个很小的染色体片段是不同的，而其他基因组部分都相同。在原型基因组序列已知的条件下，可通过低深度测序(0.1X)，来找到不同的那个染色体片段。 人类甲基化组研究：2009年Science杂志评出的10大科学新闻之一 Integrate genomics technology into breeding Genomic breeding: A high stage of molecular breeding Much higher speed and accuracy, low cost Towards molecular design breeding. Three methods of gene location: 基于遗传图谱和作图群体(QTL) 全基因组范围关联分析(case组和control组) 突变体或者单片段替换系测序（与原型做比较） * 父本： 测10X 母本： 测10X 杂交，产生分离群体(作图群体)，如BC1, DH, RIL等。 子代：取200个， 各测0.1X，总共20X Two steps: 比较父本和母本，得到 全部SNP位点。 根据map上的reads确 定SNP型, 对每一个子 代进行染体片段分型。 Genome-wide Association study * Advantages by genomic technology * Whole genome sequence (fine or finished map) Complete set of polymorphism markers (among large population) Fast and accurate location of phynotype-associated genes. Fast and accurate selection of wanted