第十章酶的作用机制因和酶的调节.docxVIP

第一节　酶的活性部位 一、酶活性部位的特点 只是酶分子的一小部分；通过诱导契合形成与底物互补的特定三维结构；通过次级键与底物相互作用；有一定的柔性（邹承鲁的对比研究发现活性部位的柔性比其他部位更强）；包括底物结合基团和催化基团，但二者的区分有时并不严格。 二、研究酶活性部位的方法 （一）侧链基团的化学修饰法 非特异性共价修饰（作用于酶分子中某一基团），酶活力丧失与修饰剂浓度成比例，底物或竞争性抑制剂可降低修饰作用。特异性共价修饰（作用于特定酶的特定基团），如二异丙基氟磷酸（DFP）只与胰凝乳蛋白酶活性部位的丝氨酸羟基结合；亲和标记试剂可以与活性部位的特定基团共价定量结合，如对甲苯磺酰-L-苯丙氨酰氯甲基酮(TPCK)与胰凝乳蛋白酶活性部位丝氨酸羟基的结合。 （二）动力学参数测定法 （三）X-射线晶体结构分析法 （四）定点诱变法 第二节　酶催化反应的独特性质 第三节　影响酶催化效率的有关因素 一、底物和酶的邻近效应(approximation，proximity)与定向效应(orientation) 底物分子结合到酶的活性中心，使底物在酶活性中心的有效浓度大大增加，从而加快反应的速度。 一个有机化学模型。咪唑催化对硝基苯酯的水解，分子内反应比分子间反应快24倍。 底物分子中参与反应的基团相互接近，并被严格定向定位，使酶促反应具有高效率称定向效应。 邻羟基苯丙酸内脂的形成反应，两个甲基使羧基和羟基更好的定向，使反应速率提高2.5×1011。 二、底物的形变(distortion)和诱导契合(inducednt) 脯氨酸消旋酶的过渡态类似物与酶的亲和力远大于其底物，说明酶可以引起底物的形变。 酵母醛缩酶的过渡态类似物与酶的亲和力远大于其底物，说明酶可以引起底物的形变。 小牛小肠腺苷脱氨酶的过渡态类似物与酶的亲和力远大于其底物，说明酶可以引起底物的形变。 三、酸碱催化(acid—base catalysis) 专一性（狭义）酸碱催化 总酸碱催化或广义酸碱催化 表观速度常数依赖于pH和溶液浓度。 Brφnsted催化作用定律： Logka=CA ? α(pKa) pKa和pKb是总酸碱的解离常数，ka和kb是反应的速度常数。CA和CB为常数，与反应类型、温度、溶剂等因素有关。 pKa小，则H+浓度高。 α和β是Brφnsted系数，范围在0到1之间，接近于1为专一性酸碱催化，接近于0表示酸碱催化不起作用。 Logkb=CB?β(pKb) 咪唑基的pK值接近生理pH值，H+的传递速度快，是酸碱催化中最重要的基团。 四、共价催化 酶与底物形成共价键的3个例子，其共同特点是酶的亲核中心X进攻底物的亲电中心。 五、金属离子催化 金属酶含紧密结合的金属离子。 金属激活酶含松散结合的金属离子。 金属离子的作用主要有： 与结合底物为反应定向； 参与氧化还原反应； 稳定或屏蔽负电荷； 活化水分子； 与过渡态底物形成螯合物。 六、多元催化和协同效应 酶的催化过程通常是多种机制同时作用，相互协同，因而有很高的催化效率。 七、活性部位微环境的影响 第四节　酶催化反应机制的实例 一、溶菌酶(1ysozyme) 溶菌酶的结构 溶菌酶的结构 白色为Glu35和Asp52 二、胰核糖核酸酶A(pancreatic ribonuclease A，RNase A) 三、羧肽酶A(carboxypeptidaseA) 四、丝氨酸蛋白酶(serine proteases) 胰凝乳蛋白酶、胰蛋白酶、弹性蛋白酶氨基酸序列的比较，黑点表示相同的氨基酸，活性部位的氨基酸用符号标出。 　 胰凝乳蛋白酶和水蛭蛋白酶抑制剂(蓝色带状)的结构，His57(蓝色)，Asp102(红色)，Ser195(黄色)在空间上十分靠近。 胰凝乳蛋白酶催化的裂解反应的动力学。 乙酸基以共价键与酶的Ser195结合，因而释放较晚。 酰基-酶中间物快速形成，随后缓慢释放产物。 胰凝乳蛋白酶催化反应的机制： 五、天冬氨酸蛋白酶(asparticproteases) 若为共价催化，会有两种中间物之一，两种中间物均未能找到，说明这一类酶为非共价催化。 (a)HIV-1 protease，a dimer，and (b) pepsin (a monomer)．Pepsin′s N-terminal half is shown in red；C-terminal half is shown in blue． HIV-1 protease complexed with the inhibitor CrixivanR(red) the flaps(residues 46-55 from each subunit) covering the active site are shown in green a