SVM(病毒宏基因组学)操作程序.pdf

军事医学科学院 Sword of Viral Metagenomics 军事兽医研究所 Sword of Viral Metagenomics (SVM) 操作程序 军事医学科学院 军事兽医研究所 动物病毒学及人兽共患病防控实验室 农业部狂犬病及野生动物与人共患病诊断实验室 1 / 10 参考本程序时，请注明出处并引用如下文献： He B, Li Z, Yang F, Zheng J, Feng Y, Guo H, Li Y, Wang Y, Su N, Zhang F, Fan Q, Tu C. 2013. Virome profiling of bats from Myanmar by metagenomic analysis of tissue samples reveals more novel Mammalian viruses. PLOS One 8:e61950. 军事医学科学院 Sword of Viral Metagenomics 军事兽医研究所 前 言 进入21 世纪以来，人类和整个社会面临着各种新发和再发传染病(Emerging and reemerging infectious diseases) 的威胁，如SARS、MERS 、H5N1 、H7N9 、SFTS、 EBOV 等，尽早地查清病原体和调查环境中潜在的未知病原对于防控这些传染病 来说，具有非常重要的意义。要开展这方面的工作，最核心的就是如何发现这些 病原体。 传统的病原生态学研究方法需要首先调查当地的流行病学资料，根据这些资 料然后确定几种可能的病原体，最后再针对性地进行这些病原体的筛查。这种调 查方法完全依赖背景信息，即：这个地方有过什么流行病？这些流行病的病原是 什么？可见，传统方法在那些新发传染病面前有些束手无策了，因为我们事先并 不知道SARS 是由冠状病毒造成的，SFTS 是由布尼亚病毒造成的，我们又怎么 能快速地筛查病原呢？ 病毒宏基因组学（Viral Metagenomics）是本世纪初提出的一个概念，即一 个环境中所有病毒的基因组。它不依赖背景信息，直接以环境中所有的病毒核酸 为研究对象，所以能迅速地呈现出这个地方的病毒组成—— 病毒组（Virome ）。 得益于高通量测序技术的普及，使得病毒宏基因组学的应用被大大地提升和推广 了。病毒宏基因组学最关键的就是前期的样品处理，这个步骤的好坏直接影响到 结果的准确性。虽然当前已经发表了各种版本的操作方法，但是在实际操作过程 中，对于首次接触的人来说，在一些核心的步骤上往往未能参透，从而严重影响 了整个操作的准确性。本操作程序积累了军事医学科学院军事兽医研究所动物病 毒学及人兽共患病防控实验室病原生态学小组5 年多的实际操作经验，通过多次 的摸索和改进，最终形成这样的终极版本，因为该操作程序的流程图酷似一柄宝 剑，小组也谐称为“Sword of Viral Metagenomics (SVM)”，也寄希望通过这柄宝 剑能斩开病毒组的神秘面纱，犀利地进行病原生态学研究。该SVM 的核心创新 之处就是引入了备份和质控步骤，从而能实时监控每一步操作，充分保障整个操 作的准确性，即使某一步出现了问题，也能使用备份及时挽救；另外在一系列的 操作中也进行了改进，如核酸的消化、cDNA 的合成、cDNA 的纯化等。 运用此SVM ，病原生态学小组成功对蝙蝠、候鸟、蜱虫等进行了Virome 的 研究，也获得了诸多成果，如：世界首次发现蝙蝠肝炎病毒（Bat Hepatitis virus）、 首次分离到蝙蝠轮状病毒(Bat Rotavirus Group A)、发现了新型SARS 样冠状病 毒、首次从东亚蜱虫中发现内罗毕绵羊病病毒 （Nairobi Sheep Disease virus ）等； 同时也将SVM 推广到了扬州大学、成都军区疾控中心等。此次公开此SVM ，完 全是该小组毫无避讳地分享自己的研