定义分子片断要计算片断的电荷密度差.ppt

Tip：等密度面的可视性也是可以操控的。 选择菜单栏里的View | Toolbars | Volume Visualization。 现在用Create Slices 工具来创建二维切片。 选择与Create Slices 相关联的下拉箭头，选择一个与B & C Axis 平行的切片。 使其在工具栏中显示 点击并选中二维切片。按下SHIFT 和ALT 键，右击鼠标键，移动二维切片，使其穿透CO 分子。 现在二维切片显示了穿过CO 分子的密度差别。接下来需要调整切片的数据范围，改变显色机制，来更加容易区分缺电子区域和富电子区域。 点击并选中切片。选择Volume Visualization 工具条中的Color Maps 工具。 在Color Maps 对话框中，把Spectrum 的值改为Blue-White-Red。把From 的值设为-0.2，把To 的值设为0.2，最后，把Bands 的值设为16。 每一个16 色都代表了一个明确的电荷密度范围。在这幅图中，电子缺失用蓝色来表示，电子的富集用红色来表示。白色表示的是那些电子密度几乎没有发生变化的区域。如果把白色区域隐藏起来就会更清晰地看到红色和蓝色区域。 按下SHIFT 和ALT 键，右击鼠标键，移动二维切片至晶格中间。 点击Color Maps 对话框中的在选择符中央的那两个颜色。如图所示，选择符的这两个颜色变成条状。再次单击该颜色，则取消选择。 最后的图形与右面的相似。在此基础上，我们可以看到哪一个原子失去了电子，以及哪些轨道失去了电子，哪些轨道得 到了电子，以及这些结果与实验事实是否一致。 End 目的：介绍分子吸附在表面时，用 CASTEP 计算电荷密度差。 模块：Materials Visualizer，CASTEP前提： CO 吸附在 Pd(110) 表面 背景 本讲义将研究相对于孤立的CO 分子和没有被干扰的Pd(110)面而言，CO 分子的成键是如何影响电子分布的。电荷密度的变化可以用两种方法计算出来。第一个选择就是计算各个分子碎片的电荷密度。这个方法便于描述如何由较小的体系组成较大的体系。该方法描绘了在发生化学反应的时候和一个分子吸附到一个表面的时候，电荷密度是如何发生变化的。本例中， CO 分子吸附在Pd(110)面上，电荷密度的变化可以表示为： Δρ = ρCO@Pd(110) - (ρCO + ρPd(110)) 式中ρCO@Pd(110) 是CO + Pd(110)体系的总的电荷密度，ρCO 和ρPd(110)分别是吸附物和基底的未受干扰的电荷密度。 另一个方法就是根据原子来计算电荷密度： Δρ = ρCO@Pd(110) - Σ (ρi) 这里，下标i 遍及所有原子。这个方法显示了由于形成全部的化学键而导致的电子分布的变化。该方法便于描述体系的化学键是如何通过原子电荷密度的离域化来形成的。电荷密度的显示有助于理解化学吸附的过程。分子会选择在哪里吸附？分子为什么会选择在那里吸附？分子稳定吸附在那里的成键机理是什么？ You will focus on one adsorption site: the short bridge site you studied in the tutorial Adsorption of CO onto a Pd(110) surface. Example:Pd(110)面上的CO 分子电荷密度变化 内容: 1. 建立CO在Pd表面的吸附 2. 定义碎片 3. 运算 4. 显示碎片的电荷密度差 1. 建立CO在Pd表面的吸附 本部分与前一个讲义“CO 分子在Pd(110)表面的吸附” 相关联，重复CO表面吸附模型的构建。(1)建立Pd晶体，结构优化；(2) 构建Pd(110)表面；(3)构建并优化 Co on Pd(110) 结构。 (1)．准备项目 在D或E盘中建立class 5文件夹。运行MS，在class 5中建立名为Pd_CO 的Project。 2 1 5 4 3 为便于管理项目，我们先在项目中准备三个子文件夹。在Project Explorer的根图标Pd_CO上右键单击，选择New / Folder。再重复此操作二次。在New Folder上右键单击，选择Rename，键入Pd bulk。在其它的文件上重复此操作过程，把它们依次更名为Pd(110)和(1x1) CO on Pd(110)。 (2) 建立Pd晶体，结构优化