蛋白质序列分析与结构预测.pptVIP

Protein Sequence Analysis and Structure Prediction Dr. ZOU, Ling-Yun Department of Microbiology Outline 20 amino acids - the building blocks ??helices Ala, Glu, Leu, Met：出现频率高 Pro, Gly, Tyr, Ser： 出现频率低 ?-sheets Coils ?-domain : 4-helix bundles Beta-domain Up-and-down sheets and barrel a???Domains 为什么要研究蛋白质结构？ 生物体的许多重要功能由蛋白质完成 已知序列的蛋白质数量与已知结构的蛋白质数量的差距正在拉大 分析蛋白质结构有助于药物设计研究 有助于了解蛋白质相互作用，这对于生物学、医学和药学都非常重要 …… Nuclear Magnetic Resonance (NMR) Resolution: 0.15 nm Determining about 13% structures in PDB Small proteins only ( 250 residues) Need samples of high purity Problems of Predicting Protein Structure Bioinformatics 蛋白质结构数据库 PDB (Protein Data Bank): 主要的蛋白质结构库 /pdb/home/home.do MMDB (Molecular Modeling Database): 分子模型数据库 /sites/entrez?db=structure PDBe (Protein Data Bank in Europe ): 大分子的相互作用和结合位点 http://www.ebi.ac.uk/pdbe/ PDB MMDB 蛋白质结构可视化工具 Swiss PDBViewer 界面友好、可同时分析几个PDB文件、可叠加起来分析结构类似性… 可与Swiss-Model服务器连接，从软件直接连到Swiss-Model服务器进行理论蛋白立体结构构建。 http://spdbv.vital-it.ch/ RasMol 读取PDB格式文件，显示生物大分子三维结构图像的软件； 系统的要求很低，应用广，可由Unix、Windows及Macintosh 平台支持运行。 界面简单，基本操作简单，运行非常迅速。 / Cn3D 含义为：“See in 3-D”，是一个生物分子的三维结构、序列以及序列比对结果的可视化工具。 读取MMDB数据库的数据文件 特定结构查找、结构比对 /Structure/CN3D/cn3d.shtml 蛋白质序列分析的主要内容 氨基酸组成分析 氨基酸含量统计 Sequence Logo 图 理化性质分析 预测等电点（PI） 计算分子量（molecular weight, Mw） 分析疏水性（hydrophobicity） 特殊位点预测：信号肽、跨膜区、…… …… 氨基酸组成分析 氨基酸含量统计 氨基酸对含量统计 理化性质分析：亲/疏水性分析 物理化学性质分析软件 ExPaSy ProtParam 计算蛋白质氨基酸组成、等电点、分子量等 http://www.expasy.ch/tools/protparam.html WebLogo 绘制Sequence logo图 / TMHMM 计算膜蛋白的跨膜区 http://www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM/ http://www.expasy.ch/tools Chou-Fasman 预测三种主要的二级结构：alpha-helix, beta-sheet，Coil 训练数据：15个已知构象的蛋白质结构，共2473个氨基酸残基 定义一个蛋白质构象参数 (protein conformational parameters)：不同氨基酸残基在不同二级结构中的重要性 Pα, Pβ, Pc 蛋白质序列综合分析软件Anthepro Homology modeling 概念： 对于一个未知结构的蛋白质，找到一个已知结构的同源蛋白质，以该蛋白质的结构为模板，为未知结构的蛋白质建立结构模型。 依据： 任何一对蛋白质，如果两者的序列等同部分超过30%，则它们具有相似的三维结构，即两个蛋白质的基本折叠相同，只是在非螺旋和非折叠区域的一些细节部分有所不同。 Homology modeling：步骤 搜索已知三级结构的同源蛋白质序列 (模板) PSI-BLAST multiple sequenc