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基因调控网络图 生物信息学的发展使数据库的种类和数量在不断增加，数据资源更加丰富与完善，功能更为强大，目前生物信息数据库已不只局限于数据的存储与提取，也提供强大的数据分析功能，成为综合性信息学网站 研究者根据自己的需要可以选择合适的数据库，为自己的生物学研究提供优质、便捷、快速的服务 三、小结 * 该蛋白质在PIR数据库中的原始信息 1986年由日内瓦大学和欧洲生物信息学研究所（EBI）联合建立，数据来源包括：从核酸数据库经过翻译推导产生，从PIR 中挑选合适的数据,研究人员直接提交,科学文献中摘录 网址：http:// /html/swiss-prot.html 二、SWISS-PROT数据库 是SWISS-PROT数据库的补充，是计算机注释的蛋白质数据库，主要包括含从三大核酸数据库中根据编码序列（CDS）翻译得到的蛋白质序列。 三、TrEMBL数据库 四、UniProt数据库 人类基因组计划被誉为生命科学“Appolo登月计划”，由美国科学家于1985 年率先 提出，于1990年正式启动，美国、中国、英国、法国、德国、日本科学家共同参与了这一预算达30亿美元的人类基因组计划. 基因组数据库的主体模式是生物基因组数据库，其中最重要的是人类基因组数据库?如GDB、GenBank等 第三节 基因组数据库 由约翰·霍普金斯大学在1990年建立，现由加拿大多伦多儿童医学生物信息及计算机中心负责维护，国际上许多生物信息中心建有镜像 方便地观察染色体上不同区域或考察标记间的顺序和距离 包括:染色体形态图谱、叠边群图谱、基因连锁图谱、放射杂交图谱、序列特性图谱等 一、GDB数据库 UCSC 由美国加州大学克鲁兹分校的生物信息研究人员建立,收集了高分辨物理图、mRNA和EST比对、基因预测、物种序列同源性比较、多态性等多种生物信息资源。 具有界面直观，数据丰富的特点，和将基因组物理图与功能序列位置直接对应的优 势，该数据库提供用户基因查找、基因预测、mRNA序列标签、表达序列标签、比较基因组学等多种功能,在研究已知基因表达调控及基因与疾病的关系中提供参考 二、UCSC数据库 网址：/ 实验中采用生物物理方法、X线晶体衍射方法、磁共振波谱分析等获取了大量蛋白质和核酸的结构,将这些结构借助计算机技术整理和存储形成生物分子结构数据库,每个结构数据库用图像直观的表示蛋白质和核酸结构,通过测量蛋白质模型中每个原子在设定的直角坐标系中的距离记录三维数据, 这些数据对研究酶与底物分子的相互作用关系、核酸与蛋白质相互作用关系、药物设计、蛋白质卷曲等提供了重要理论价值 第四节 结构数据库 创建于1971年，是蛋白质空间结构数据和其他大分子结构内容，进行蛋白质二级结构预测、蛋白质进化以及大分子相互作用的研究等 网址：/pdb/home/home.do 一、PDB数据库 小鼠ＩＬ-６ 结构 是NCBI开发的生物信息数据库集成系统Entrez的一部分，内容包括来自于实验的生物大分子结构数据，与PDB相比，MMDB具有很多附加信息，如分子的生物学功能、产生功能的机制、分子的进化历史，还提供生物大分子三维结构模型显示、结构分析和结构比较工具 网址：/Structure/MMDB/mmdb.shtml 二、MMDB数据库 许多针对特定研究的生物信息学数据库如： 放信号通路的数据库 磷酸化位点的数据库 转录因子信息数据库 第五节 项数据库 1995年日本京都大学生物信息学中心的Kanehisa实验室建立 在酶与信号通路方面的研究占领了世界先导地位 网址：http://www.genome.jp/kegg/ 一、KEGG数据库 1980年由Cold Spring Harbor实验室创建 提供的数据经过实验验证和人工筛选，保证了数据的有效性，该数据库不但提供转录因子结合位点序列信息，还提供转录因子结合位点的基因组定位信息，数据库引入了基因调控网络的概念，提供可视化的网络调控资源 二、TRED数据库 网址：/cgibin/TRED/tred.cgi?process=home 搜索转录因子-靶基因网站 靶基因信息和基因调控网络列表 生物信息学数据库 2015/9/9 数据库是指以一定方式储存在一起、能为多个用户共享、具有尽可能小的冗余度、与应用程序彼此独立的数据集合 生物信息数据库分类： ①根据数据的来源和数据整理的不同：一级数据库和二级数据库 ②根据数据库存储的内容不同：核酸序列 数据库、基因组数据库、核酸/ 蛋白质结构数据库等 数据库概述 一级数据库的数据直接来源于实验原始数据，只经过简单的归类、整理和注释 二级数据库是在一级数据库、实验数据和理论分析的基础上，针对不同的研究内容和需要对生物学知识和信息进行综合整理构建的数据库 其中核酸序列数据库、基