人外显子捕获测序项目报告-高通量测序.PDFVIP

人外显子捕获测序 项目报告 合同编号 客户单位 报告时间 适用范围 本项目分析报告适用于外显子捕获测序项目，不同样本数分析内容会略有差别。 目录 1. 名词解释 3 2. 分析结果展示 4 2.1 测序质量评估及质控 4 2.1.1 测序质量评估 4 2.1.2 数据质控 7 2.2 参考序列比对分析 9 2.3 SNP 与INDEL 分析 11 2.3.1 方法说明与结果概述 11 2.3.2 突变概况 12 2.3.3 SNP 突变注释 14 2.3.4 InDel 注释 18 2.3.5 附件格式说明 20 2.4 CNV 分析 24 2.5 突变圈图汇总 26 1. 名词解释 Bp:base-pair，碱基对，读长的单位，每一个bp 指一对互补的碱基。 Read：读长，测序数据中每一条序列就是一个read。 Raw_reads:原始数据 Clean_reads：QC 之后的数据 Fastq: 序列数据存储的标准格式之一，每4 行为一条read 的信息。包含测序read 名，序列，正反链标 示，序列质量值 Pair-end 测序：双端测序，两端均测序，随后合并成一条read。 Single-end 测序：单端测序，只测一端，即为一条read。 质量评分：指的是一个碱基的错误概率的对数值，即质量评分越高，错误概率越小。 QC： Quality control，即质量控制。 滑窗法：检测一个窗口内的碱基质量值，如果满足条件则向前移动一个单位继续检测，如果不满足条件 即做删除处理，随后继续移动到下一个单位进行检测，直到检测完所有的数据。 2. 分析结果展示 2.1 测序质量评估及质控 2.1.1 测序质量评估 本次测序采用Hiseq PE150 模式（双端测序PE：paired-end ），每一个样本分别有R1.fastq 和R2.fastq 两个文件，分别代表5’ - 3’和 3’-5’的测序结果。R1.fastq 与R2.fastq 中的文件行数是一致的，且根据 reads name 一一对应。 FASTQ: Fastq 是Solexa 测序技术中一种反映测序序列的碱基质量的文件格式。每条read 包含4 行信息。第一行以“@”开头，随后是序列标示和相关的描述信息，第三行以“+” 开头，随后是序列描述信 息或者什么都不加；），第二行为碱基序列，第四行是质量信息，与第二行中的碱基序列一一对应，根据 评分体系不同每个字符的含义所表示的数字有所差别。例如： @SEQ_ID GATTTGGGGTTCAAAGCAGTATCGATCAAATAGTAAATCCATTTGTTCAACTCACAGTTT + !*((((***+))%%%++)(%%%%).1***-+*))**55CCFCCCCCCC65 质量评分：质量评分指的是一个碱基的错误概率的对数值。其最初在Phred 拼接软件中定义与使用， 其后在许多软件中得到使用。其质量得分与错误概率的对应关系见下表： 表2.1 fastq 碱基质量分数含义 Phred quality scores are logarithmically linked to error probabilities Probability of incorrect Phred Quality Score Base call accuracy base call 10 1 in 10 90 %