利用全基因组加盟不平衡估计我国荷斯坦牛有效群体大小.pdfVIP

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2019-02-10 发布于未知
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利用全基因组加盟不平衡估计我国荷斯坦牛有效群体大小.pdf

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逢付HEREDITAs(BeijIng)2012年1月，34(1)：50一58 ISSN0253—9772 www．chinagene．cn 研究报告 DoI：10．3724／SP．J．1005．2012．00050 利用全基因组连锁不平衡估计中国荷斯坦牛有效群体大小。尼桂琰，张哲，姜力，马裴裴，张勤，丁向东中国农业大学动物科技学院，农业部动物遗传育种与繁殖重点实验室，北京lool93 摘要：有效群体大小是群体遗传学研究的一个重要内容，有助于我们更清楚地了解群体的遗传变异、进化和复杂性状的遗传机制等。随着高密度sNP标记的出现，越来越多的研究利用sNP标记伺连锁不平衡估计有效群体大小。文章采集北京地区中国荷斯坦牛2 400l 093个样本，并利用牛sNP芯片(11luminaBovinesNP50，含5 sNPs)进行基因型测定，估计不同世代中国荷斯坦牛的有效群体大小。质量控制标准设定为sNP检出率o．95，最 968 小等位基因频率o．05，样本检出率o．95，哈代温伯格平衡检验显著性水平尸o．000l。经过质量控制，共1 个样本和38 计中国荷斯坦牛在4世代之前有效群体大小。结果表明，中国荷斯坦牛的有效群体呈逐代下降趋势，至4世代前，中国荷斯坦牛平均有效群体为45头左右。关键词：中国荷斯坦牛；有效群体；连锁不平衡 ChineseHolsteinCattleefkctiVe sizeestimatedfrom population whole genomelinkagedisequilibrium NI Gui—Yan，ZHANGZhe，JIANGLi，MAPei—Pei，ZHANG Qin，DINGXing—Dong Genet{csnnd Sciencennd KeyLdbordtory可AnimnlBreedtng嘭the Ministry可AgricH‰re，CoEtege町AnimniTechnolo影，Ch{noAgr{一 ctllt¨rnl Universil)，，Be蹲ing100193，Chind Abstract：Ef亿ctive an that to populationssize(Ⅳe)isimportantpopulationparameterhelpsexplaingeneticvariation， eVolutionand ofthe architecture traits．Withthe of population understandinggenetic underlyingcomplex availabilit)r SNP andmoreresearchesfocuson ofⅣP high—densepanelg，more estimatingusinglinkage SNPs．Inthis estimatedtheeff．ectiVe size仃om2093ChineseHolsteinCattle wi也111umina study，we population genotyped BoVineSNP50 removalofindiVidualwithcall wimcall allele行e— rate95