基于复合ESTSSR标记大白菜种子纯度鉴定及SNP位点获取.pdfVIP

中国蔬菜　2013（14）：31-38 CHINA VEGETABLES 基于复合 EST-SSR 标记的大白菜种子纯度 鉴定及 SNP 位点获取 赵　新 1　王　永 1*　兰青阔 1　贺长征 2　陈　锐 1　李欧静 1　刘　娜 1 1 1 朱　珠 　郭永泽 1 2 （ 天津市农业质量标准与检测技术研究所，天津 300381； 天津市种子管理站，天津 300061） 摘　要： 以 10 份大白菜杂交种及其亲本为研究对象，基于 NCBI 基因组数据库中 EST 序列信息，应 用 SSR 标记及高分辨 率溶解曲线技术筛选出用于大白菜杂交种纯度鉴 定的 SNP 位点及复合 SSR 位 点，并 根据 高通量分子检测技术 种子纯度鉴定的需要 ，对单粒种子育苗条件、单株植株提取 状态、快速 DNA 提取方法、复合 PCR 体系的建立等关键 技术进行了摸索及优化。结果显示：经过 48 h 破壳状态的单粒 种子，采用改良 CTAB 法可于 3 h 内得到较高质量的 DNA；同时经 7 d 达到苗期状态的单株叶片，采用 chexe-100 法亦可于 40 min 内完成 DNA 提取；筛选得到的 SNP 位点可对 6 份大白菜杂交种进行纯度鉴定， 复合 SSR 位点可对 10 份大白菜杂交种进行纯度鉴定。 关键词：大白菜；种子；纯度鉴定；复合 EST-SSR；SNP 中图分类号：S634.1　　文献标识码：A　　 文章编号： 1000-6346（2013）14-0031-08 Purity Identification and SNP Site Obtain of Chinese Cabbage Hybrids Using Multiplex EST-SSR Marker 1 1* 1 2 1 1 ZHAO Xin ，WANG Yong ，LAN Qing-kuo ，HE Chang-zheng ，CHEN Rui ，LI Ou-jing ，LIU 1 1 1 Na ，ZHU Zhu ，GUO Yong-ze 1Institute of Tianjin Agriculture Quality Standard and Testing Technology Tianjin 300381 China 2 Tianjin Seed （ ， ， ； Station，Tianjin 300061，China ） Abstract ：In this research，10 Chinese cabbage〔Brassica campestris L. ssp. pekinensis （Lour） Olsson〕hybrids and their parents were taken as study objects．Based on the EST sequences from NCBI genome data base，a SNP site and multiplex EST- SSR sites，which could be used to identify the purity of Chinese cabbage hybrids，were screened by SSR marker and high resolution melting（HRM） technology．According to the requirement of seed purity identification by high throughput molecular technology，the key techniques such as seedling culture condition of single seed，extraction status of single gr