生物化学第5章.ppt

1.核糖核酸酶变性与复性作用 七、球状蛋白质与三级结构 三级结构（ tertiary structure ）是指球状蛋白质的多肽链在二级结构的基础上，通过侧链基团的相互作用进一步卷曲折叠，借助次级键维系使α-螺旋、β-折叠、β-转角和无规则卷曲等二级结构相互配置而形成特定的构象。三级结构的形成使肽链中所有的原子都达到空间上的重新排布。 1.全α结构蛋白质 （一）球状蛋白质的分类 蚯蚓血红蛋白中四个?-螺旋组成的结构域 两个铁原子 α螺旋占极大优势的结构。最简单的是反平行螺旋束，螺旋疏水面朝向内部、亲水面朝向溶剂。 另一亚类是珠蛋白型α螺旋蛋白，一级结构上相邻的两个螺旋采取相互垂直的取向。 肌红蛋白 2.α、β－结构（平行或混合型β折叠片）蛋白质 平行β折叠片一般存在于蛋白质的核心结构。 α、β－结构可分为两类： （1）单绕平行β桶：由8个平行β折叠股环形排列，在第1和第8两个折叠股之间借氢键键合形成一个闭合式圆桶。这种结构由肽链按Rossman折叠方式单向卷曲而成（内桶）。 7个α螺旋和C－末端的一个α螺旋组成与内桶平行的外桶。 内、外两桶的疏水夹心层构成疏水核心。 （2）双绕平行β片：中间由4～9个平行的β折叠股或混合型的β折叠股构成的开放β片（马鞍型扭曲片）。其两侧由α螺旋和环状区段保护。 肽链从折叠片中开始向一个方向卷绕形成Rossman折叠，α螺旋覆盖在折叠片的一侧，然后改变方向回到折叠片的中部向相反方向卷绕再形成Rossman折叠，α螺旋覆盖在折叠片的另一侧。 乳酸脱氢酶结构域1 双绕平行β片蛋白是3个主链结构层和两个疏水区，而单绕平行β桶是4个主链层和3个疏水区。 顶面 侧面 （3）全β－结构（反平行β折叠片）蛋白质： 反平行β折叠片一般把疏水残基安排在折叠片的一侧，亲水残基在另一侧。至少有两个主链结构层：两层β折叠片或一层β折叠片和一层α螺旋。两个β折叠片的疏水面对合形成疏水区，相背的两面暴露于溶剂。分为两个主要类型：反平行β桶和反平行β片。 免疫球蛋白VL β -折叠结构域 the Barrel of Rhodobacter Capsulatus （4）富含金属或二硫键蛋白质 金属形成的配体或二硫键对蛋白质构象起稳定作用。 （二）球状蛋白质三维结构的特征 ?含多种二级结构单元； ?有明显的折叠层次； ?是紧密的球状或椭球状实体； ?分子表面有一空穴(活性部位)； ?疏水侧链埋藏在分子内部，亲水侧链暴露在分子表面。 β-折叠 β-转角 无规则卷曲 空穴 α－螺旋 蛋白质的β-折迭 反平行β折叠 平行β折叠 平行式：所有参与β折叠的肽链的N端在同一方向。 φ=-119°Ψ=+113°。 反平行式：肽链的极性一顺一倒，N端间隔相同。 φ=-139°????Ψ=+135°。 从能量上看，反平β折叠比平行的更稳定，前者的氢键NH---O几乎在一条直线上，此时氢键最强。 在纤维状蛋白质中β折叠主要是反平行式，而在球状蛋白质中反平行和平行两种方式都存在。 在纤维状蛋白质的β折叠中，氢键主要是在肽链之间形式，而在球状蛋白质中，β折叠既可在不同肽链间形成，也可在同一肽链的不同部分间形成。 （三）β-转角（β-turn） β-转角也称β-回折（reverse?turn）、β-弯曲（β-bend）、发夹结构（hair-pin?structure） β-转角是球状蛋白质分子中出现的180°回折，有人称之为发夹结构，由第一个a.a残基的C=O与第四个氨基酸残基的N-H间形成氢键。 目前发现的β转角多数在球状蛋白质分子表面，β转角在球状蛋白质中含量十分丰富，占全部残基的1/4。 β转角的特征：①由多肽链上4个连续的氨基酸残基组成。②主链骨架以180°返回折叠。③第一个a.a残基的C=O与第四个a.a残基的N-H生成氢键。④C1α与C4α之间距离小于0.7nm⑤多数由亲水氨基酸残基组成。 Gly缺少侧链，在β转角中能很好地调整其他氨基酸残基的空间阻碍；Pro具有环状结构和固定的ψ角，在一定程度上迫使β转角的形成。 （四）?无规卷曲?? 没有规律的多肽链主链骨架构象。 细胞色素c的三级结构 球状蛋白中含量较高，对外界理化因子敏感，与生物活性有关。 α-螺旋，β-转角，β-折叠在拉氏图上有固定位置，而无规卷曲的φ、Ψ二面角可存在于所有允许区域内。 五、纤维状蛋白质 纤维状蛋白质的氨基酸序列很有规律，它们形成比较单一的、有规律的二级结构，结果整个分子形成有规律的线形结构，呈现纤维状或细棒状，分子轴比（轴比：长轴/短轴）大于10，轴比小于10的是球状蛋白质。 广泛分布于脊椎和无脊椎动物体内，占脊椎动物体内蛋白质总量的50%以上，起支架和保护作用。 （一）α-角蛋白 原纤维 细胞 ?-螺旋