教程在集群和作业系统上.PDF

教程：在集群和作业系统上 使用ABCluster 作者：张鋆 zhangjunqcc@ 目录 • 前言 • 在Torque作业系统下运行串行isomer+Gaussian • 在Torque作业系统下运行并行isomer+Gaussian • 尾声 前言 前言 • ABCluster是一个效率极高并且使用方便的用于搜索化学 团簇的全局和局部极小点的软件。 • 本教程将讲述如何在计算机集群和作业系统上使用 ABCluster中的isomer和lego来进行大规模团簇搜索。 • 本教程默认读者已经熟悉ABCluster的简单用法。如果没 有，可以参考ABCluster的手册以及ppt教程： /software-abcluster-download.php 普通方式运行ABCluster • 如果读者有一台或者几台可以随便使用的服务器，那么直 接利用ABCluster其他教程中的步骤就可以直接进行搜索， 也就是用isomer或者lego调用Gaussian、DMol3来进行 局部优化和能量计算。 • 从2.0版本起，ABCluster可以跨节点并行。具体说，是利 用SSH命令连接到其他的机器来进行计算，而计算的顺序 则用ABCluster内部的一个微型排队系统实现。 计算机集群上运行ABCluster • 如果读者在具有排队系统的集群上运行ABCluster，那么 一般情况下不能直接SSH调用计算化学程序，必须使用排 队系统提交作业。这时候，需要对ABCluster的脚本做一 些改动。 • 本教程目标机器：Linux集群与Torque作业系统 计算机集群组建 • 如果读者试图自己组建集群，可以参见（老教程，写于 2011年）： /theochem-clusterbuilding-ZH.php 在Torque作业系统下运行串行 isomer+Gaussian B 的全局极小点，普通串行运行- 7 • 例子：搜索B 在B3LYP/6-31g(d)下的全局极小点- 7 b7.inp optfile b7                  # Result file name %nproc=16 B 7                 # Cluster file name %mem=20GB cube 3 3 2    # Structure types #N B3LYP/6‐31g(d) scf(xqc,novaracc)  30                # Maximal number of calculations opt(MaxCycles=100) xyz2gaussian optfile $inp$  $xxx$.gjf opt g09  $xxx$.gjf  $xxx$.log 2/dev/null gaussian2xyz $xxx$.log  $out$ ‐1 1 rm $xxx$.gjf $xxx$.log • 普通运行：nohupisomerb7.inpb7.out 作业系统 • 现在要在集群上使用ABClsuter，集群使用的是Torque作 业系统。假设你的Torque系统用于提交Gaussian作业的 脚本如下，提交的命令为:qsubsubmit.pbs #!/bin/bash submit.pbs #PBS ‐l nodes=1:ppn=32 #PBS ‐l walltime=48