中华绒螯蟹与长江华溪蟹胚胎发育相关miRNA-南京师范大学学报.PDFVIP

第４０卷第２期 南京师大学报(自然科学版) Ｖｏｌ４０ Ｎｏ２ ２０１７年６月 ＪＯＵＲＮＡＬ ＯＦ ＮＡＮＪＩＮＧ ＮＯＲＭＡＬ ＵＮＩＶＥＲＳＩＴＹ(Ｎａｔｕｒａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅ Ｅｄｉｔｉｏｎ) Ｊｕｎｅꎬ２０１７ － ｄｏｉ:１０.３９６９/ ｊ.ｉｓｓｎ.１００１ ４６１６.２０１７.０２.０１１ 中华绒螯蟹与长江华溪蟹胚胎发育相关 ｍｉＲＮＡ识别与比较分析 孙　 宾ꎬ刘莹莹ꎬ李　 鹏ꎬ严　 洁ꎬ周开亚 (南京师范大学生命科学学院ꎬ江苏省生物多样性与生物技术重点实验室与江苏省水生甲壳动物病害重点实验室ꎬ江苏 南京 ２１００２３) [摘要]　 利用Ｉｌｌｕｍｉｎａ/ Ｓｏｌｅｘａ高通量测序技术ꎬ开展了中华绒螯蟹和长江华溪蟹胚胎的小ＲＮＡ深度测序. 对测 序结果进行生物信息学分析ꎬ分别筛选获得中华绒螯蟹的８ ５６９ ７４３条和长江华溪蟹的８ ７１９ ４６５条干净序列 (Ｃｌｅａｎ Ｕｎｉｑｕｅ Ｒｅａｄｓ)ꎬ长度分布在２０ ｎｔ~２２ ｎｔ 区间内的分别占有３０.４７％(Ｅｊｓ￣ＯＢ:中华绒螯蟹胚胎测序文库) 和３０.３８％(ＳＹ￣ＯＪＣ:长江华溪蟹胚胎测序文库). 用ＳＯＡＰ 程序将小ＲＮＡ定位到基因组ꎬ结果Ｅｊｓ￣ＯＢ 中分析筛 选出５７４５ ２７９个小ＲＮＡꎬ其中１３ ４７２种小 ＲＮＡ 与基因组的序列匹配ꎻＳＹ￣ＯＪＣ 中分析筛选出４ ３９７ ５０９个小 ＲＮＡꎬ其中１８４０７种小 ＲＮＡ 与基因组的序列匹配. 分类注释的结果显示ꎬ中华绒螯蟹和长江华溪蟹分别有 ６２９３４４５(Ｅｊｓ￣ＯＢ)和５ ５９６ ６１４(ＳＹ￣ＯＪＣ)条ｍｉＲＮＡ候选序列ꎬ但未预测发现新ｍｉＲＮＡ. 在表达水平的差异分析 结果中发现ｍｉＲ￣１１８３、ｍｉＲ￣１３５７、ｍｉＲ￣１５９１、ｍｉＲ￣２３８２ 的表达水平上调且差异显著. 在两文库中搜寻到一些共同 ∗ ∗ ∗ ∗ ∗ ∗ ∗ ｍｉＲＮＡ 序列ꎬ其中ｍｉＲ￣１３９ 、ｍｉＲ￣１４１９ｇ 、ｍｉＲ￣１７９８ 、ｍｉＲ￣２０２ 、ｍｉＲ￣２０６８ 和 ｍｉＲ￣４５４ 也是表达变异较大. 这些结果表明ꎬｍｉＲＮＡ可能在调控与中华绒螯蟹和长江华溪蟹胚胎发育相关的基因表达中起重要作用. [关键词]　 中华绒螯蟹ꎬ长江华溪蟹ꎬ小ＲＮＡꎬｍｉＲＮＡ ＋ － － － [中图分类号]Ｑ９５１ ４　 [文献标志码]Ａ　 [文章编号]１００１ ４６１６(２０１７)０２ ００６５ ０７ Ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｚａｔｉｏｎ ａｎｄ Ｃｏｍｐａｒａｔｉｖｅ Ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ ＭｉｃｒｏＲＮＡｓ Ｄｕｒｉｎｇ Ｅｍｂｒｙｏｎｉｃ Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ Ｂｅｔｗｅｅｎ ｔｈｅ Ｃｈｉｎｅｓｅ Ｍｉｔｔｅｎ Ｃｒａｂ(Ｅｒｉｏｃｈｅｉｒ ｓｉｎｅｎｓｉｓ) ａｎｄ ｔｈｅ Ｆｒｅｓｈｗａｔｅｒ Ｃｒａｂ(Ｓｉｎｏｐｏｔａｍｏｎｙａｎｇｔｓｅｋｉｅｎｓｅ) Ｓｕｎ ＢｉｎꎬＬｉｕＹｉｎｇｙｉｎｇꎬＬｉ ＰｅｎｇꎬＹａｎＪｉｅꎬＺｈｏｕ Ｋａｉｙａ (Ｓｃｈｏｏｌ ｏｆ Ｌｉｆｅ ＳｃｉｅｎｃｅｓꎬＮａｎｊｉｎｇ Ｎｏｒｍａｌ ＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙꎬＪｉａｎｇｓｕ Ｋｅｙ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ ｆｏｒ Ｂｉｏｄｉｖｅｒｓｉｔｙ ａｎｄ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ ａｎｄＪｉａｎｇｓｕ Ｋｅｙ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ ｆｏｒ Ａｑｕａｔｉｃ Ｃｒｕｓｔａｃｅａｎ ＤｉｓｅａｓｅｓꎬＮａｎｊｉｎｇ２１００２３