基于DNA序列K-tuple分布的一种非序列比对分析.PDFVIP

HEREDITAS (Beijing) 2010 6 , 32(6): 606―612 ISSN 0253-9772 研究报告 DOI: 10.3724/SP.J.1005.2010.00606 基于DNA 序列K-tuple 分布的一种非序列比对分析 1 2 1 1 1 沈娟 , 吴文武 , 解小莉 , 郭满才 , 袁志发 1. , 712100; 2. , 712100 文章在基因组 K -tuple 分布的基础上, 给出了一种推测生物序列差异大小的非序列比对方法。该方法可 用于衡量真实DNA 序列和随机重排序列在K -tuple 分布上的差异。将此方法用于构建含有26 种胎盘哺乳动物 线粒体全基因组的系统树时, 随着K 的增大, 系统树的分类效果与生物学一致公认的结果愈加匹配。结果表明, 用此方法构建的系统进化树比用其他非序列比对分析方法构建的更加合理。 K -tuple; 非序列比对; D