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如何利用primer5软件获取miRNA和基因的互补配对结合位点？？ Primer5软件安装说明： 首先下载Primer5.0软件，该软件可以转化序列方向，引物预测，引物设计，引物质量检测，核酸序列转换为氨基酸序列等。 首次安装需要注册激活，压缩包中包含有注册机。 具体安装步骤如下： 解压压缩包： 压缩后在primer premier 5文件夹中打开primer premier 5.exe软件 打开软件后点击activate product，点击后会出现mechin ID 打开注册机，在mechine ID处输入上一步中出现的数字，点击generate，在Activation key中会出现一排数字，该数字即软件激活码，填入上一步中激活码处即可激活。 案例说明： 利用primer软件对miRNA与lncRNA结合位点预测实例，以lncRNA461和miR-141-3p为例 1.获取lncRNA和miRNA序列： LncRNA序列获取：在NCBI中，选择Nucleotide，输入long intergenic non-protein coding RNA 461，选择序列，进入页面后点击FASTA，即可以获得lncRNA461序列，复制备用。 在miRBase中，检索miR-141-3p，点击get sequence，获得miR-141-3p的序列，miRNA序列中包括U碱基，但是软件不能识别U碱基，因此，需要手动将U替换为T。直接利用word中的替换功能，即可将所有的U替换为T，将替换后的序列保存备用。 2.打开primer premier5.0软件，点击左上角File，然后点击New，点击DNA sequence，出现下图对话框： 3.在上图对话框中，粘贴lncRNA461序列，粘贴时会出现四个选项（只能用ctrl+v进行粘贴），选择第一个As Is，点击OK 3.点击中间对话框中左上角Primer按钮 4.在新弹出的对话框中点击Edit Primers 5.删除新弹出对话框中红色序列部分 6.在删除后的方框中贴入已经转换过的miRNA序列，在弹出的对话框中选择第四个选项，点击OK 7.先点击Analyze，然后点击Prime 8.最终结果如下，该结果表示在lncRNA461的2300位左右，miRNA-141-3p能够与它发生结合。 注意事项： 输入序列时注意序列方向。 由于miRNA中T变为了U，该软件不能识别U碱基，因此需要自己将miRNA中的T转为U，然后再用于结合情况预测。 最后作图时，需要结合实际情况，看是否需要再将T转换回U。