希金斯炭疽菌PITP生物信息学分析研究.docVIP

个人收集整理 仅供参考学习 个人收集整理 仅供参考学习 PAGE / NUMPAGES 个人收集整理 仅供参考学习 希金斯炭疽菌PITP生物信息学分析-农学论文 希金斯炭疽菌PITP生物信息学分析 韩长志 （西南林业大学林学院／云南省森林灾害预警与控制重点实验室，昆明６５０２２４） 摘要：以酿酒酵母中已经报道地５个典型ＰＩＴＰ序列为基础，对炭疽菌属蛋白质数据库进行Ｂｌａｓｔｐ比对以及 关键词 搜索，并通过ＳＭＡＲＴ保守结构域分析，明确该菌含有４个典型地ＰＩＴＰ；同时，通过对上述氨基酸序列进行疏水性、细胞信号肽、跨膜区结构域、亚细胞定位以及二级结构等生物信息学分析，并与其他物种中１５个同源序列进行遗传关系比较分析，以期为深入开展希金斯炭疽菌（Ｃｏｌｌｅｔｏｔｒｉｃｈｕｍ ｈｉｇｇｉｎｓａｎｕｍ Ｓａｃｃ．）ＰＩＴＰ地功能研究打下理论基础，同时，也为进一步开展其他炭疽菌地研究提供重要地理论指导. 关键词 ：希金斯炭疽菌（Ｃｏｌｌｅｔｏｔｒｉｃｈｕｍ ｈｉｇｇｉｎｓａｎｕｍ Ｓａｃｃ．）；磷脂酰肌醇转移蛋白质；生物信息学分析；遗传关系；炭疽菌属 中图分类号：Ｑ８１文献标识码：A文章编号：0439－８114（２０15）03－0７１３-0４ 希金斯炭疽菌（Ｃｏｌｌｅｔｏｔｒｉｃｈｕｍ ｈｉｇｇｉｎｓａｎｕｍ Ｓａｃｃ．）属于炭疽菌属真菌，其可以侵染如菜心、小油菜、结球甘蓝、羽衣甘蓝、大白菜、萝卜等多种十字花科蔬菜作物而引起炭疽病，是一类重要地世界性植物真菌病害，现主要分布于美国、中国、日本以及印度等国［１－３］.在我国，由该病菌侵染菜心引起地炭疽病是菜心上最常见和发生最严重地病害之一［４］.该病害对广东省菜心种植地区具有重要地影响，不仅降低了菜心地产量，对菜心地品质也产生了较大影响［５，６］.国内外对该病菌地研究主要集中在生物学特性、生防菌筛选以及遗传转化等方面［７，８］，同时，随着该病菌基因组序列地释放［９］，林春花等［１０］对其开展了ＭＡＰＫ途径相关基因地找寻及信号通路简图地绘制工作. 磷脂酰肌醇转移蛋白质（Ｐｈｏｓｐｈａｔｉｄｙｌｉｎｏｓｉｔｏｌ ｔｒａｎｓｆｅｒ ｐｒｏｔｅｉｎ，ＰＩＴＰ）是一类广泛存在于真核生物细胞中具有一个疏水性强地水溶性蛋白质载体，其功能在于把一分子地脂类物质包裹在疏水腔内，使包裹地脂类物质远离细胞质内水溶性地环境，从而实现脂类物质在不同膜间定向转运［１１］.该蛋白质通过参与调节脂类代谢途径和胞内进程，从而在多个复杂地生理发育过程中发挥重要作用［１２］.目前，认为在肌醇磷脂代谢途径中发挥重要作用地有ＰＩＴＰ－ＰＬＣ（磷脂酶Ｃ）途径、ＣＤＰ（胞嘧啶核苷二磷酸）－胆碱生物合成途径［１３，１４］.学术界对于植物中所含有地ＰＩＴＰ有较多报道，如大豆、日本百脉根、拟南芥以及棉花等，而对于真菌ＰＩＴＰ地研究报道较为少见. 本研究以酿酒酵母（Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ Ｓ２８８ｃ）中已经报道地５个典型ＰＩＴＰ氨基酸序列为基础，通过在炭疽菌属蛋白质数据库中进行Ｂｌａｓｔｐ比对分析以及 关键词 搜索，获得与酿酒酵母ＰＩＴＰ同源地Ｃ． ｈｉｇｇｉｎｓａｎｕｍ序列，并通过保守结构域分析、疏水性分析、二级结构预测等生物信息学分析，以期明确该菌中所存在地ＰＩＴＰ数量、疏水性特点、结构特征以及细胞定位情况，同时，基于上述ＰＩＴＰ氨基酸序列，在美国国家生物信息中心（ＮＣＢＩ）在线进行同源序列搜索，通过遗传关系分析，以期为进一步开展其他炭疽菌中ＰＩＴＰ地研究提供理论指导. １材料与方法 １．１材料 根据酿酒酵母中含有地５个ＰＩＴＰ（Ｓｅｃ１４、Ｐｄｒ１６、Ｐｄｒ１７、Ｓｆｈ５和ＣＳＲ１）氨基酸序列，利用炭疽菌属蛋白质数据库在线进行Ｂｌａｓｔｐ比对［１５］，所有参数均选择默认值，获得Ｃ． ｈｉｇｇｉｎｓｉａｎｕｍ中所含有地典型ＰＩＴＰ，同时，通过输入“Ｐｈｏｓｐｈａｔｉｄｙｌｉｎｏｓｉｔｏｌ－ｔｒａｎｓｆｅｒ－ｐｒｏｔｅｉｎ”、“ＰＩＴＰ” 关键词 ，在上述数据库中进行ＰＩＴＰ检索；另外，利用ＮＣＢＩ明确该菌中ＰＩＴＰ蛋白质登录号信息（表１）. １．２方法 １．２．１ 保守结构域预测利用ＳＭＡＲＴ网站在线分析ＰＩＴＰ所具有地保守结构域特征. １．２．２蛋白质疏水性预测利用Ｐｒｏｔｓｃａｌｅ程序［１６］对ＰＩＴＰ进行疏水性测定. １．２．３蛋白质转运肽及信号肽预测转运肽地预测利用ＴａｒｇｅｔＰ １．１ Ｓｅｒｖｅｒ进行在线分析［１７］，信号肽预测则是利用ＳｉｇｎａｌＰ ３．０ Ｓｅｒｖｅｒ［１８］进行在线分析. １．２．４蛋白质二级结构及跨膜区结构预测对蛋白质二级结构预测采用ＰＨＤ［１９］进行在线分析.同时，对其ＰＩＴＰ地跨膜区结构进行预测，