ECD计算和药效团建模.PDFVIP

第一届量化计算与药物设计实用技术培训班邀请函 ECD 计算与药效团建模 【课程介绍】 1、ECD 计算辅助立体化学结构确证 电子圆二色谱（Electronic Circular Dichroism，ECD）是目前比较流行的立体化学结构确证 技术。本次培训班以我们已经发表的一项研究工作为例，详细介绍如何使用Gaussian 09 和 其他辅助软件进行ECD 计算，再与实验数据比较，从而确定化合物的绝对构型。 在本次培训中，我们特别增加了构象分析这一重要环节，它将解决不少学员在长期研究 中遇到的ECD 计算“时而奏效，时而失效”的问题。通过本次培训，学员们能够熟悉掌握这一 项完善的ECD 计算辅助立体化学结构确证技术，并能迅速运用到自己的研究项目中。 2、药效团建模与虚拟筛选 药效团是基于药效特征元素为基础建立的模型，总结出对活性起关键作用的结构特征。 近些年，随着化合物数据库和计算机技术的发展，用药效团模型对数据库的进行虚拟筛选得 到了广泛的应用，已经成为发现先导化合物的重要手段之一。本次培训班将通过讲解和练习 LigandScout 进行药效团建模与虚拟筛选的全部功能，让学员们迅速掌握该项技术。 【软件简介】 CONFLEX 7 构象分析，本身也可以用来进行 ECD 计算，主要是将其生成的构象用 Gaussian 09 进一步处理（优化与ECD 计算）。 Gaussian 09 Gaussian 09 是Gaussian 系列电子结构软件的最新版本，被世界各地的化学家、化学 工程师、生物化学家、物理学家和其他学科的科学家们所广泛使用。Gaussian 09 从量子力 学的基本定律出发，在各种不同的化学环境中预测分子结构、能量、振动频率、分子性质与 反应。 LigandScout 3 LigandScout 是Inte:Ligand 公司推出的旗舰产品，是基于3D-药效团模型进行精确虚拟 筛选的集成平台。它提供了无缝的工作流；支持基于配体或基于结构的药效团建模；还包含 了一个全新的高性能叠合算法，其具有前所未有的筛选速度与高品质预测质量。此外，它还 提供了用户友好的筛选分析工具，包括自动生成ROC 曲线以便进行性能评估。所有的功能 都可以通过我们精心设计的图形用户界面来使用，该界面是我们多年的为建立最有人性化的 药效团建模工具经验的结晶。本算法以我们在药效团研究领域信誉卓著的知识为基础并经过 科学验证，是本领域最先进的技术。 【课程目标】 1、掌握一套科学完整的ECD 计算辅助立体化学结构确证技术方案； 2、掌握LigandScout 3 高级药效团建模与虚拟筛选技术。 【课程内容】 本次培训以上机学习方式为主，学员们将掌握以下关键技术： 1、ECD 计算辅助立体化学结构确证  构象分析；  几何优化的诀窍；  单一构象ECD 计算；  玻尔兹曼平均；  如何解释科顿效应 （Cotton Effect ）。 2、药效团建模与虚拟筛选  基于结构的药效团建模；  基于配体的药效团建模；  如何科学地评价药效团建模质量；  调整药效团特征与运用组合模型；  采用药效团对对接构象重打分；  构建高质量化合物构象库。 【培训对象】 本次培训班 ECD 计算部分适合已经或打算使用以上技术进行立体化学结构 确证的老师、学生或其他科研人员参加；药效团建模部分合适于对靶点预测、小 分子-靶点相互作用模式分析与虚拟筛选感兴趣的人员参加。 【课程安排】 时间 主讲人 培训内容 08:30 – 09:00 登记注册 09:00 – 11:30 张子颖 ECD 计算辅助立体化学结构确证 14:30 – 17:30 肖高铿 药效团建模与虚拟筛选 【时间地点】 时间：2014 年11 月24 日 地点：广州市天河区龙口东路34 号龙口科技大厦3 楼 （暂定） 【报名注册】 1、报名方式 下载