斑头雁与灰雁血红蛋白序列与结构比较.docVIP

斑头雁和灰雁血红蛋白序列和结构比较 姓名________ 学号______________ 日期________年___月___日 研究背景 检索PubMed文献摘要数据库中有关斑头雁和安第斯雁血红蛋白相关文献。 阅读上述文献，说明斑头雁和安第斯雁血红蛋白序列、结构、功能特点。 序列比对 从UniProt/Swiss-Prot数据库中提取斑头雁和灰雁血红蛋白?亚基序列，进行序列比对，找出差异位点。 从UniProt/Swiss-Prot数据库中提取雁形目（Anseriformes）所有物种血红蛋白?亚基序列，进行多序列比对，找出斑头雁特有的变异位点。 从UniProt/Swiss-Prot数据库中提取安第斯雁和灰雁血红蛋白?亚基序列，进行序列比对，找出差异位点。 从UniProt/Swiss-Prot数据库中提取雁形目（Anseriformes）所有物种血红蛋白?亚基序列，进行多序列比对，找出安第斯雁特有的变异位点。 结构分析 用蛋白质结构图形显示软件Swiss-PdbViewer比较斑头雁氧合血红蛋白（1A4F）和灰雁氧合血红蛋白（1FAW）空间结构。斑头雁氧合血红蛋白B链有___个组氨酸残基，其中____与血色素环中央鉄原子共价结合，键长___埃；___与血色素环中央氧原子（OXY150）以氢键结合，键长为___埃 用结构叠合（Fit）方法将斑头雁氧合血红蛋白A链?链二聚体和灰雁氧合血红蛋白A链B链二聚体按?碳（CA）叠合，叠合后均方根误差（Root Mean Square Deviation, RMSD）为__埃。 找出斑头雁和灰雁血红蛋白A链第119位差异残基；斑头雁血红蛋白中该残基为_____，其侧链?碳原子（CB）与B链上距离小于4埃的残基共___个，分别为________；灰雁氧合血红蛋白中该残基为_____，其侧链?、?、?碳原子（CB、CG、CD）与B链上距离小于4埃的残基共___个，分别为__________________________。 根据上述分析结果，阅读相关文献，简述斑头雁血红蛋白序列、结构、功能和进化关系。 将以上斑头雁和灰雁血红蛋白序列结构功能差异分析策略用于自己课题相关蛋白质，说明分析结果。 参考文献 朱筱佳，管玉艳，雷富民. 血红蛋白与脊椎动物高海拔适应进化，中国科学：生命科学，2016年，第46卷，第1期:84~102. Natarajan C, Jendroszek A, Kumar A, et al. Molecular basis of hemoglobin adaptation in the high-flying bar-headed goose. PLoS Genet. 2018 Apr 2;14(4):e1007331. Zhu X, Guan Y, Signore AV, et al. Divergent and parallel routes of biochemical adaptation in high-altitude passerine birds from the Qinghai-Tibet Plateau. Proc Natl Acad Sci U S A. 2018 Feb 20;115(8):1865-1870. Scott GR, Hawkes LA, Frappell PB, et al. How bar-headed geese fly over the Himalayas. Physiology (Bethesda). 2015 Mar;30(2):107-15. Storz JF, Moriyama H. Mechanisms of hemoglobin adaptation to high altitude hypoxia. High Alt Med Biol. 2008 Summer;9(2):148-57.