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二、基因组的结构和功能
2、如何理解C值悖理和N值悖理?p50
C值悖理:生物基因组的大小同生物在进化上所处低位的高低及进化复杂性之间无严格对应关系,这种现象通常称为C值悖理
N值悖理:物种的基因数目与生物进化程度或生物复杂性的不对应性,这被称为N值悖理
3、真核生物DNA序列可以分为几种类型,各种类型的DNA序列在基因组中有何意义?p53
①单一序列:也称单拷贝序列、非重复序列,即指在基因组中只含有一个拷贝的序列。低等的真核生物中大部分DNA是单一序列。
②轻度重复序列:一般在一个基因组内有2-10份拷贝,但有时2-3份拷贝的DNA序列也被视作非重复序列。酵母的tRNA的基因、组蛋白基因、人和小鼠的珠蛋白基因、癌基因等均为轻度重复序列。
③中度重复序列:一般指10份到几百份拷贝的DNA序列。大部分中度重复序列属非编码序列,但与基因表达的调控有关。大部分中度重复序列属于非编码序列,但与基因表达的调控有关,包括开启或关闭基因的活性,促进或终止转录等。
④高度重复序列,重复次数极高,一个基因组中有几百份甚至几百万份拷贝的高度重复序列。高度重复序列大部分成簇地排列在异染色质中,特别是染色体的着丝粒和端粒位置。
5、构成人工染色体所需要的DNA关键序列有哪些,其基本功能是什么?p61
DNA复制起点:是染色体上开始合成新的DNA的部分,约100bp长,又称自主复制序列(ARS),不同的自主复制序列都含有一个同源性很高的富含AT序列。
端粒:是由独特的DNA序列及相关蛋白质组成的线性真核染色体的末端结构,它具有防止末端基因的降解、防止染色体末端间的粘连和稳定染色体末端及保证精确复制等功能。染色体端粒的长短决定细胞的寿命。
着丝粒:是细胞分裂中期两条染色单体相互联结的部位,该处为染色体的缩窄处,故又称为主缢痕。照死里含有组蛋白和其他蛋白质,以及DAN,其中,DNA能够促进与纺锤体的相互作用。
三、DNA复制与基因表达
2、生物如何解决DNA复制中两条链的协调性、一致性和高速进行性?p97
协调性:主要是通过γ复合体介导的β滑动钳有序地装配到DNA聚合酶的核心酶上,但完成冈崎片段的合成后又催化它的解离,从而释放DNA以便寻找下一个已合成引物的起点,同时它又结合有利的β滑动钳,在ATP水解后催化其装载到核心酶上。聚合酶Ⅲ全酶的τ亚基还能与DnaB促旋酶结合以提高DNA合成的速度和效率。
一致性和高速进行性:由于两条链的方向相反,其DNA的合成并不是匀速的,特别是随后链要断续合成冈崎片段,DNA的解链速度与DNA的断续合成速度必须一致,才能保证DNA的正常、高速、准确的复制,滑动钳的τ亚基在复制叉处装载可与DNA解旋酶及DNA聚合酶作用:
当两种酶发生相互作用时,DNA解旋酶活性增强,这时DNA解旋酶的解旋速度与DNA聚合酶复制DNA的速度大体相当。
② 如果DNA 解旋酶并不与DNA聚合酶Ⅲ全酶相联系,则DNA解旋酶的解链速度下降10倍。
③ 在这种情况下,DNA聚合酶合成DNA的速度比DNA解旋酶对未复制DNA的解链速度要快得多,这就允许DNA聚合酶Ⅲ全酶赶上DNA解旋酶,重新形成全酶复制体。
3、对DNA复制中出现的错误如何校正的?
一种重要的校正机制是由DNA聚合酶的3’-5’校阅外切酶火星来进行的。原来,DNA聚合酶在合成DNA时必须要有一段碱基配对正确并具有3’-OH末端是错配的核苷酸,则不能作为有效的模版而继续延长。这时,DNA聚合酶的3’-5’校阅外切酶活性将把错配的核苷酸切掉,直到产生一个配对正确并具有3’-OH末端的引物链;然后才以其5’-3’的合成活性使引物链继续延长。因此,DNA聚合酶可以说是一种自我校正酶;在它沿
4、线状DNA的复制如何解决其末端复制难题? p101
线状双链DNA的复制在5’端引物被去除之后,因无3’-OH引导,无法完成一小段DNA的复制,就意味着每一轮都有可能造成末端丢失的情况:
①端粒酶途径:在真核生物中,端粒酶只能延长染色体的3’端,而实际上由于复制缩短的都是其5’端。但是3’端的延伸为5’端的复制提供了额外的模板,引物合成酶合成引物后,再由DNA聚合酶Ⅲ使5’端也得以延长,但引物切除后,其3’端仍有一段单链区。这种机制的作用就是使染色体的末端不会因为复制而变得越来越短以致删除染色体末端重要的基因,保持细胞持续分裂的能力。
②蛋白质代替RNA作为每个染色体末端最后一个冈崎片段的引物。“引物蛋白”与后随链模板结合并用一个氨基酸来提供—OH,以代替正常情况下RNA引物提供的3’—OH。通过与最后的后随链结合,引物蛋白与染色体的5‘端形成共价连接
③形成发夹环状结构,DNA复制时,在线性分子中间的一个复制起点开始,双向进行,将发夹环状结构变成双链环状DNA。然后,
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