微生物16s多样性分析报告-谷禾健康.PDFVIP

微生物16s多样性分析报告 合同编号 合作单位 联系人 分析人 王勇 杭州谷禾信息技术有限公司 分析流程 16S rRNA 基本概念 使用Illumina HiSeq对V4区进行扩增测序 使用引物为515F-806R 16S rRNA OTU 我们对v4可变区域进行扩增和测序。首 16S rRNA 基因是编码原核生物核糖体小 operational taxonomic units (OTUs) 先对每个样板库的序列进行OTU注释 ， 亚基的基因，长度约为1542bp ，其分子 在微生物的免培养分析中经常用到，通 使用QIIME （version 1.8.0 ）工具包进 大小适中，突变率小，是细菌系统分类学 过提取样品的总基因组DNA ，利用16S 行注释 ，数据库使用GreenGene 研究中最常用和最有用的标志。16S rRNA或ITS的通用引物进行PCR扩增 ， （version gg_13_8 ）或Silva rRNA基因序列包括9个可变区和10个保守 通过测序以后就可以分析样品中的微生 （SILVA128 ）项目的研究目的之一就是 区，保守区序列反映了物种间的亲缘关系， 物多样性 ，那怎么区分这些不同的序列 比较不同样本之间的微生物组成差异， 而可变区序列则能体现物种间的差异。 呢 ，这个时候就需要引入operational OTU比对完成后进行注释 ，由于16S序列 16S rRNA基因测序以细菌16S rRNA基因 taxonomic units ，一般情况下 ，如果 的高度相似性 ，根据V4区的测序长度， 测序为主,核心是研究样品中的物种分类、 序列之间，比如不同的16S rRNA序列 大部分能将序列准确的归类到属（genus ） 物种丰度以及系统进化。 的相似性高于97%就可以把它定义为一 这个级别 ，肠道菌群更有接近70%能注 个OTU ，每个OTU对应于一个不同的 释到种 （species ）结果 ，不过不同来源 16S rRNA序列，也就是每个OTU对应 样品的注释比例不完全相同。 于一个不同的细菌 （微生物）种。通过 OTU分析，就可以知道样品中的微生物 多样性和不同微生物的丰度。 杭州谷禾信息技术有限公司 2 1.原始序列数据与质控 通过采用Illumina Hiseq测序平台对该项目进行双端测序(Paired-end) ，测序得到了fastq格式的原始数据 （样本对应一对序列S_1.fastq和S_2.fastq ）。再配对 接成单条序列。通过barcode确定序列对应的样本。用 QIIME软