微生物学通报基于高通量测序的裕民红花根际土壤细菌群落特征分析.PDFVIP

微生物学通报 Nov. 20, 2018, 45(11): 2429−2438 Microbiology China /wswxtbcn tongbao@ DOI: 10.13344/j.microbiol.china.171038 研究报告 基于高通量测序的裕民红花根际土壤细菌群落特征分析 * 杨美玲 张霞 王绍明 刘鸯 张丽霞 赵祥 (石河子大学生命科学学院 新疆 石河子 832000) 摘 要：【背景】新疆裕民县是我国最大的红花种植基地，其独特的地理环境和气候条件适合红 花生长且有利于红花良好品质的形成。【目的】探究新疆裕民县山地栽培红花不同生育期的根际 土壤细菌群落及其与环境因子之间的关系，为揭示道地药材“道地性”的本质与规律提供科学依 据。【方法】在3 块裕民栽培红花样地中分别采取营养生长期与生殖生长期的根际、非根际土壤， 测定其土壤性质，并提取基因组DNA 对 16S rRNA 基因的V4 高变区进行PCR 扩增构建文库， 经过Illumina HiSeq 高通量测序平台测序后使用生物信息学技术分析土壤细菌的丰富度、多样性 指数和群落结构，然后分析多样性指数与环境因子之间的相关性。【结果】从36 个红花土壤样品 中共得到10 303 个细菌操作分类单元(Operational taxonomic unit ，OTU) ，分属于47 门102 纲 201 目381 科738 属405 种，其中放线菌门(Actinobacteria ，32.9%)和变形菌门(Proteobacteria ， 28.7%)是优势菌群。方差分析显示丰富度指数 Chao1 与多样性指数Shannon 在4 个样品分组 的细菌群落中无显著差异，而主坐标分析(Principal coordinates analysis ，PCoA)和属水平的物 种丰度分布情况表明各样地之间的细菌群落构成差异明显。【结论】经分析，红花根际土壤中 存在大量适应环境变化的细菌，这些细菌的存在可能对红花道地性的形成有积极作用。此外， 土壤性质、植物的生长阶段和根系分泌物可能通过影响红花根际细菌群落来致力于红花道地 性的形成。 关键词：红花，高通量测序，细菌多样性，细菌群落结构 High throughput sequencing analysis of bacterial communities in Yumin safflower * YANG Mei-Ling ZHANG Xia WANG Shao-Ming LIU Yang ZHANG Li-Xia ZHAO Xiang (College of Life Sciences, Shihezi University, Shihezi, Xinjiang 832000, China) Abstract: [Background] Xinjiang Yumin county is the largest safflower planting base of China, its unique geographical environment and climatic conditions suitable for the growth and it is beneficial to formation of quality of safflower. [Objective] The purpose of this study was to