基于Illumina高通量测序技术分析草莓表面微生物结构-江苏农业科学.PDFVIP

江苏农业科学　２０１８年第４６卷第２０期 — ２５— 戴宝玲，肖英平，戴贤君，等．基于Ｉｌｌｕｍｉｎａ高通量测序技术分析草莓表面微生物结构［Ｊ］．江苏农业科学，２０１８，４６（２０）：２５－２８． ｄｏｉ：１０．１５８８９／ｊ．ｉｓｓｎ．１００２－１３０２．２０１８．２０．００６ 基于Ｉｌｌｕｍｉｎａ高通量测序技术分析 草莓表面微生物结构 １，２ ２，３ １ ２ ２ ２，３ 戴宝玲 ，肖英平 ，戴贤君 ，何祥祥 ，王佩佩 ，杨　华 （１．中国计量大学生命科学学院，浙江杭州３１００１８；２．浙江省农业科学院农产品质量标准研究所，浙江杭州３１００２１； ３．浙江省植物有害生物防控省部共建国家重点实验室培育基地，浙江杭州３１００２１） 　　摘要：为了解不同基地草莓表面微生物的结构特点，在浙江省８个草莓生产基地采集草莓样本，并提取表面微生 物ＤＮＡ样本，利用特异性的引物分别对细菌１６ＳｒＲＮＡ基因的Ｖ３～Ｖ４区进行ＰＣＲ扩增，然后基于Ｉｌｌｕｍｉｎａ高通量测 序技术分析不同基地草莓微生物的菌群结构。结果表明，不同基地草莓表面微生物在门的水平上主要包括变形菌门、 厚壁菌门、蓝藻细菌门、放线菌门、拟杆菌门；在属的水平上，优势菌属主要为布赫纳氏菌属、甲基杆菌属和葡糖杆菌 属，其中所检出的寡养单胞菌属、苯基杆菌属、埃希杆菌属和葡萄球菌属均具有一定的致病性。由此说明高通量测序 技术应用于草莓表面微生物的分析，可在一定程度上提供草莓污染的病原菌信息。 　　关键词：草莓；菌群结构；高通量测序；病原菌；微生物检测 　　中图分类号：Ｓ６６８．４０１；Ｓ１８２　　文献标志码：Ａ　　文章编号：１００２－１３０２（２０１８）２０－００２５－０３ ＴＭ 　　草莓（Ｆｒａｇａｒｉａ×ａｎａｎａｓｓａＤｕｃｈ．）作为一种即食性水果， ＤＮＡＭｉｎｉＰｒｅｐ （ＺｙｍｏＲｅｓｅａｒｃｈ）（真菌／细菌 ＤＮＡ小量提取 在冬春季节的市场上是最受消费者欢迎的水果之一。草莓营 试剂盒）进行提取。将８个不同基地采集的草莓样本分别用 养丰富，柔嫩多汁，口味酸甜，此外还含有丰富的维生素和人 无菌生理盐水冲洗后离心，将得到的沉淀用２００ Ｌ生理盐水 μ ［１］ 体必需的矿物质和微量元素，素有水果皇后的美誉 。草莓 重悬后加入到锆钡珠裂解管（ＺＲＢａｓｈｉｎｇＢｅａｄｌｙｓｉｓｔｕｂｅ），然 广泛种植于我国南方大部分地区，浙江省作为我国早熟草莓 后按照试剂盒说明书的提取方法操作，提取的ＤＮＡ进行电泳 的主产区之一，其生产质量直接关系到东南地区及全国早熟 检测分析。 草莓的销售状况和食用安全。成熟后的草莓果实娇嫩多汁， 以提取的草莓表面细菌 ＤＮＡ为模板，采用引物 ３３８Ｆ 含水量达到９５％，因此在成熟过程中，为有害微生物生长提 （５′－ＡＣＴＣＣＴＡＣＧＧＧＡＧＧＣＡＧＣＡ－３′）和８０６Ｒ（５′－ＧＧＡＣ 供了丰富的营养物质，极易受到微生物（如细菌、真菌）的感 ＴＡＣＨＶＧＧＧＴＷＴＣＴＡＡＴ－３′）对细菌 １６ＳｒＲＮＡ基因Ｖ３～Ｖ４ ［２］ 染，成为草莓生长以及食用的安全隐患之一 。在我国，微 区进行ＰＣＲ扩增。 生物学指标中，致病菌是判断食品卫生的重要依据。因此对 １．３　测序和质量控制 食用草莓开展致病微生物检查与鉴定试验，探寻草莓食用安