基于转录组信息的陆地棉coker312EST.doc

基于陆地棉茎尖转录组序列的genic-SSR标记的开发与评价 高阳1，2，王芙蓉2，刘国栋2，张景霞2，张传云2，张军基金项目：1. 基金项目：1.国家自然基因项目；2.转基因生物新品种培育重大专项（2014ZX08005-003-004）； 3.“十二五”农村领域国家科技计划课题（2013BAD01B03-03）；4. 山东省农业良种工程项目农业生物资源创新利用课题 作者简介：高阳，硕士研究生。研究方向：植物发育遗传。E-mail: jlgy0909@163.com 通讯作者：张军，博士，研究员。研究方向：分子育种。E-mail: HYPERLINK mailto:scrczj@； scrczj@；zj0928@126.com （1山东师范大学生命科学学院， 济南 250014；2农业部黄淮海棉花遗传改良与栽培生理重点实验室／山东棉花研究中心，济南，250100，） 摘要：利用软件MISA和SSR Locator 对陆地棉（Gossypium hirsutum L.）Coker312茎尖转录组测序得到的73515条Unigene序列进行分析，查找到4507个SSR位点，分布于4039条转录本序列中，SSR出现频率为5.5%，非编码区的SSR位点要显著高于编码区（2853/1654）。SSR重复基元中，三核苷酸重复基元占主导地位（51.03%），且AAG/CTT （20.08%）类型最多；其次是二核苷酸重复基元（28.76%），主要为AG/CT（55.47%）。利用引物批量设计软件共开发1569对SSR引物，在陆地棉TM-1、海岛棉3-79 (G. barbadense L.)、阿非利加棉(G. herbaceum L.)、雷蒙德氏棉(G. raimondii Ulbrich.)四个棉种中进行初步评价，其中1117对引物能在四个棉种间扩增出稳定的条带，扩增率为71.2%。选择650对能稳定扩增出条带的引物，在涉及5个棉种（增加了亚洲棉（G. arboreum L.））的13份材料中进一步筛选，83对引物能在13份材料中扩增出特异性条带， PIC变幅在0.121～0.648之间，平均值为0.422，其中80对引物能在7份陆地棉材料中扩增出特异性条带，平均PIC值为0.336；挑选5对在本实验室作图亲本鲁棉研22和鲁原343间有明显多态的引物进行连锁分析，其中4对成功连锁到本实验室构建的遗传图谱上。本研究丰富了棉属genic-SSR的数量，为棉属遗传作图、性状关联分析提供了更多引物选择。 关键词：陆地棉；茎尖转录组；genic-SSR；多态性 Development and evaluation of genic-SSR markers based on shoot tip transcriptome information of Gossypium hirsutum L. GAO Yang1， 2, WANG Fu-rong2, LIU Guo-dong2, ZHANG Jing-xia2, ZHANG Chuan-yun2, ZHANG Jun1， 2 (1 Academy of Biological Sciences, Shandong Normal University, Jinan 250014 2 Key Laboratory of Cotton Breeding and Cultivation in Huang-Huai-Hai Plain, Ministry of Agriculture, Shandong Cotton Research Center, Jinan, Shandong 250100, PR China ) Abstract: A total of 4507 SSRs distributed in 4039 transcript sequences were identified from 73515 unigenes in Gossypium hirsutum shoot tip transcriptome. The frequency of unigene sequences containing SSR was 5.5% and the number of SSRs was significantly higher in non-coding regions than that in coding regions (2853/1654). The SSR repeat motifs dominated by trinucleotide repeats (51.03%), among which AAG/CTT (20.08%) accounted for the hi