南方灵芝中一种新型免疫调节蛋白的生物信息学分析探究.pdfVIP

食用菌学报@2016．23(3)：25～29 DOI：10．16488／j．cnki．1005—9873．2016．03．004 南方灵芝中一种新型免疫调节蛋白的生物信息学分析 王 莹1，高英女1，汪滢1，李燕1，唐利华1，白睿2，鲍大鹏¨ (1国家食用菌工程技术研究中心，农业部南方食用菌资源利用重点实验室，上海市农业遗传育种重点开放实验室， 上海市农业科学院食用菌研究所，上海201403；2上海海洋大学食品学院，上海201306) 摘 要：利用生物信息学方法从蛋白质基本理化特性、信号肽和亚细胞定位、分子进化与翻译后修饰位点以及 蛋白质三维结构等方面，对南方灵芝(Ganodermaaustrale)中免疫调节蛋白c13717进行预测分析，并将 信号肽，亚细胞定位于细胞外，遗传进化与ACA相近，而与LZ一8、Fip—fve和Fip．VVO较远，翻译后修饰位点较 蛋白不属于真菌免疫调节蛋白(fungalimmunomodulatoryprotein，FIP)家族，而属于CP蛋白家族，可能具有 独特的生物活性。 关键词：南方灵芝；理论预测；结构特征；免疫调节蛋白 南方灵芝(Ganoderma 属(Ganoderma)，其分布范围较为广泛，除我国的四川、山西、浙江、河北、安徽、江西、福建、湖南、海南、 广西等地区外[1]，还分布于印度的南部[21以及美国的佛罗里达州[31等地区。 南方灵芝具有丰富的次级代谢产物，对其产物的研究多集中在多糖和萜类物质[4-6]，而对于蛋白质的 contigcl3717翻译蛋白的氨基酸序列与牛樟芝(Antrodia 序列相似性较高。由于真菌免疫调节蛋白(fungalimmunomodulatoryprotein，FIP)普遍存在于灵芝属中， 中的FIP，但通过氨基酸序列比对，发现c13717蛋白与FIP家族蛋白相似性较低口]。 仅通过简单的序列比对并不能揭示c13717蛋白具有的独特性质。因此，笔者运用多种生物信息 学分析方法，分别从理化特性、亚细胞定位和信号肽、遗传进化、蛋白翻译后修饰以及三维结构等多方 面，将南方灵芝中c13717蛋白与三种典型的FIP以及牛樟芝中的免疫调节蛋白ACA进行比较分析， 深入探讨c13717蛋白从一级氨基酸序列到三级蛋白质结构的各方面特性。为进一步研究c13717蛋白 的加工、修饰和定位以及蛋白质结构与功能关系等方向，提供依据，也为解析南方灵芝中具有免疫调节 活性的蛋白及其开发提供参考。 1材料与方法 1．1数据来源 收稿日期：2016—07—15原稿；2016—08—10修改稿 基金项目：上海市农口青年人才成长计划[沪农青字(2015)第1-11号]、上海市农口青年人才成长计划[沪农青字 (2015)第1．10号]项目资助 作者简介：王莹(1982一)，女，2012年毕业于上海交通大学生物医学与工程学院，博士，助理研究员，主要从事食 用菌中功能基因的生物信息学分析。 +本文通讯作者E-mail：baodp@hotmail．tom 万方数据 26 食用菌学报 第23卷 1．2理化性质预测 定性、脂肪族系数、半衰期以及蛋白的亲疏水性进行预测和分析。 4．1 采用SignalP 根据蛋白的来源选择真核生物，并联合神经网络法(neural markov 值，信号肽区域氨基酸残基的S值较高，剪切位点的氨基酸残基的c值较高。Y值是综合考虑S值和 c值的一个参数，而D值是s值的平均值和最大Y值的加权重平均值，是判断蛋白是否具有信号肽的 关键值。一般情况下，D值大于0．45就认为此蛋白具有信号肽，是一种分泌性蛋白。利用TargetP 1．1Server[1妇软件中的邻近结点算法(k-nearest neighboralgorithm，KNN)进行亚细胞定位分析。 1．3蛋白翻译后修饰预测及分子进化分析 蛋白翻译后修饰过程主要包括：磷酸化、糖基化、甲基化、乙酰化、脂基化和泛素化，其对生命体行 在线软件预测蛋白中具有显著意义的蛋白质修饰位点。通过ClustalW2口3]软件进行氨基酸序列比对， 再通过MEGA5．0[141软件包利用邻接法构建系统发育