LAMMPS教程-学习指南.pdfVIP

LAMMPS 教 程 王 延 颋 中国科学院理论物理研究所 中科院超算中心培训 北京 2012 年 9 月 17-18 日 1 2 1. 分 子 动 力 学 模 拟 基 本 概 念 3 1.1. 计算科学 ─ 理论与实验科学的桥梁 求解 模型参数 理论科学 计算科学 实验科学 模型框架 指导 计算物理的作用 求解解析理论无法求解的问题 模拟多体问题，得到更贴近实际体系的结果 模拟实验做起来困难或不可能做的条件 计算用到大量近似和模拟理想化实验条件，所以还是更贴近理论 4 1.2. 分子模拟 ─ 研究原子分子层面的物性 计算物理包括数值求解和计算机模拟两大类 对物质的模拟大致分为宏观、介观、微观三个层次 分子模拟 分子模拟方法分为Monte Carlo (MC) 和Molecular Dynamics (MD) 两大类  对Boltzmann 分布的重要性采样：统计物理是理论基础. 5 1.3. 第一性计算 ─ 电子结构方法 解多体薛定谔方程：HΨ({r}) = E Ψ ({r}) 方程中包含所有原子核和电子的哈密顿量和波函数 原子间相互作用由主要由电子决定 计算系统最低能量构型，原子光谱等 计算化学反应势垒，速率等 Gaussian 软件包 6 1.4. 第一性计算 ─ 密度泛函理论 解多体薛定谔方程：HΨ(ρ({r})) = E Ψ (ρ({r})) 用电子密度代替电子坐标，从而大大减少计算自由度 适于进行较大体系的计算 VASP 软件包 仍然难以做有限温度的模拟 7 1.5. 蒙特卡罗（MC）模拟 只计算势能，不用计 算力