目标基因的分析及应用方法.ppt

实验六 目标基因的分析及应用 开放读码框（open reading frame, ORF)的识别 基因结构分析 内含子/外显子剪切位点识别 选择性剪切分析 CpG 岛的识别 核心启动子/转录因子结合位点/转录启始位点的识别 转录终止信号的预测 GC含量/密码子偏好性分析 开放读码框的识别 开放读码框（open reading frame, ORF) 是一段起始密码子和终止密码子之间的碱基序列 ORF 是潜在的蛋白质编码区 基因组DNA序列 cDNA，mRNA，EST 内含子/外显子剪切位点识别 对基因组序列的读码框区域进行预测 内含子5’端供体位点(donor splice site): GT 内含子3’端受体位点(acceptor splice site): AG 预测工具： GENSCAN，GENEMARK NetGene2, Splice View 内含子/外显子剪切位点识别 如何分析mRNA/cDNA的外显子组成？ RNASPL 与相应的基因组序列比对，分析比对片段的分布位置 预测工具： Spidey，SIM4，BLAT，BLAST，FASTA 选择性剪切（Alternative splicing）分析 选择性剪接是调控基因表达的重要机制 了解不同物种、细胞、发育阶段、环境压力下基因的调控表达机制 分析方法： 查询选择性剪切相关的网站 多序列比对 查询选择性剪切相关的网站 .tw/查询NOX1 基于序列比对分析选择性剪切 基因周围调控序列分析 CpG岛 位于真核生物基因转录起始位点上游，GC含50% ，长度200bp 转录起始位点(Transcription start site, TSS) PY2CAPY5 核心启动子(Core promoter element) TATA box，Pribnow box 上游启动子元件(Upstream promoter element) CAAT box，GC box，SP1，Otc 转录终止信号 AAUAAA，UUUUUU 操纵子、终止子、增强子、沉默子 编码区综合分析 GeneBuilder 核苷酸序列综合分析软件 上机实习 一 步骤一：基因结构分析 使用工具：Spidey 步骤二：选择性剪切分析 使用Spidey的分析结果 数据： 序列Seq1来自拼接结果 序列Seq2~Seq6来自Seq1与nr数据库BLASTN比对结果（Blosum62, E value=0.001） 比对得到来自人类的complete cds 9条，去除冗余的序列后剩下5条 Accession number of Seq2~Seq6: AF127763，AF166326，AF166327, AF166328, BC075014 Spidey NCBI开发的在线预测程序 /spidey 基于BLAST和Dot View局部联配的算法 主要选项/参数 序列在线提交形式： 界面中有两个窗口： 上方窗口用于输入基因组序列（直接粘贴序列或用Genbank ID/AC号） 下方窗口用于输入cDNA/mRNA序列（直接粘贴序列或用Genbank ID/AC号） 可同时输入多条cDNA/mRNA序列与同一条基因组序列进行分析 输出结果 Nox基因 蛋白质序列分析 蛋白质序列结构信息 蛋白质理化性质 蛋白质二级结构 结构域 蛋白质三级结构 蛋白质基本理化性质分析 蛋白质理化性质是蛋白质研究的基础 蛋白质分子的高级结构 蛋白质的基本性质： 相对分子质量 氨基酸组成 等电点（PI） 消光系数 半衰期 不稳定系数 总平均亲水性 …… 实验方法： 相对分子质量的测定、等电点实验、沉降实验 缺点：费时、耗资 基于实验经验值的计算机分析方法 蛋白质基本理化性质分析 基于一级序列的组分分析 氨基酸亲疏水性等分析为高级结构预测提供参考 Expasy 开发的针对蛋白质基本理化性质的分析： Protparam 工具 /tools/protparam.html ProtScale 工具 /tools/protscale.html 蛋白质二级结构预测 基本的二级结构 α螺旋，β折叠， β转角，无规则卷曲（coils）以及模序（motif）等蛋白质局部结构组件 分析方法： 基于统计和机器学习方法进行预测 分析内容 α螺旋/β折叠等基本结构 PHD，JPRED，PROF，PSIpred，NNSSP 信号位点的分析 SignalP，PSORT，TargetP 结构域分析 结构域是蛋白序列的功能、结构和进化单元 基本类型 ： α折叠 β折叠 α/β折叠 其他折叠类型 分析方法 序列比对