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BLSAT本地化完全教程 Setp1: Blast软件下载与安装 1.对于windows 2000/xp 用户，下载blast-2.2.18-ia32-win32.exe安装文件 HYPERLINK /blast/executables/LATEST/blast-2.2.18-ia32-win32.exe /blast/executables/LATEST/blast-2.2.18-ia32-win32.exe 2.创建一个新目录，例如C:\blast，将下载的文件blast-2.2.18-ia32-win32.exe复制到该目录，双击这个文件，自解压产生bin、data、doc三个目录，bin是程序目录，data是程序使用数据的目录，doc是文档目录。 表：bin目录中的程序 程序 说明 bl2seq.exe 进行两条序列比对 blastall.exe 做普通的blast比对 blastclust.exe ? blastpgp.exe ? copymat.exe ? fastacmd.exe 通过gi号，接收号等，在数据库中检索序列 formatdb.exe 格式化数据库 formatrpsdb.exe ? impala.exe ? makemat.exe ? megablast.exe megablast程序 rpsblast.exe ? seedtop.exe ? 3.用文本编辑器创建一个ncbi.ini文件，文件包含下面内容： [NCBI]Data=C:\blast\data\ 将ncbi.ini文件存放到系统的Windows 或者 WINNT目录。 4.将”C:\blast\bin”目录添加路径中（该步骤非必须，但会给以后的操作带来方便），方法：1）右击我的电脑选择属性，选择高级，点击环境变量， 设置环境变量 2）系统变量中，选择Path，点击“编辑”，在变量值的后面添加“; C:\blast\bin”，点击确定 将安装路径添加到path 5.测试，打开dos窗口（点击开始，选择运行，打开的输入框中输入“cmd”，确定），键入“blastall”，回车，如果安装正确，将显示 blastall的所有参数说明。 安装测试 注意： 如果报错：“‘blastall’不是内部或外部命令，也不是可运行的程序或批处理文件。”，请检查环境变量设置，或者切换到安装目录的bin目录下，再执行。 如果报错：“FATAL ERROR: FindPath failed.”，请检查ncbi.ini文件。 HYPERLINK /bio/?p=1473 \o Permanent Link to Blast本地化：构建自己的搜索数据库 Step2: 构建自己的搜索数据库blast数据库指包含fasta格式的核苷酸或者蛋白质序列的文件，有三种方式得到fasta格式的序列。 1 从NCBI的FTP下载相关的数据库文件 FTP地址： HYPERLINK /blast/db/ /blast/db/，如果你仅是一个测试，请下载一个较小的文件作为例子，例如下载大肠杆菌的核酸序列库——ecoli.nt.Z (1349 Kb)。FTP上的数据库文件都经过了压缩，有关每个文件的含义，请看该目录下说明文件（ HYPERLINK /blast/db/blastdb.html /blast/db/blastdb.html ），下表FASTA目录下文件的说明： 文件名 大小（kb） 内容 alu.a.gz 90 alu重复序列的转录的蛋白质 alu.n.gz 24 alu重复序列 drosoph.aa.gz 4183 果蝇的蛋白质序列? drosoph.nt.gz 36059 果蝇基因组组序列 env_nr.gz 806964 环境蛋白质序列 env_nt.gz 2298189 环境核酸序列 est_human.gz 1395676 人的EST序列 est_mouse.gz 774668 老鼠的EST序列 est_others.gz 7360044 除人和老鼠以外的其他物种的EST序列 gss.gz 4772615 来源于GenBank, EMBL, and DDBJ的GSS序列 htg.gz 6148203 来源于GenBank, EMBL, and DDBJ的高通量基因组测序序列 human_genomic.gz 2509222 人类基因组序列(NC_######) igSeqNt.gz 18900 人和老鼠的免疫球蛋白可变区的核酸序列 igSeqProt.gz 3072 人和老鼠的免疫球蛋白可变区的蛋白质序列 mito.aa.gz 316 线粒体蛋白质序列 mito.nt.gz 935 线粒体基因组 month.aa.gz 50009 每月更新的蛋白质序