用Entrez和SRS系统查找目标序列.docVIP

PAGE PAGE 1 实验二　序列查询(Entrez/SRS) 实习目的： 会用Entrez和SRS系统查找目标序列 实习内容： 1. ENTREZ Entrez是一个由NCBI创建并维护的基于Web界面的综合生物信息数据库检索系统。Entrez提供了对GeneBank, EMBL, DDBJ, PIR-International, PRF, SWISS-PROT及PDB等数据库超过105000个物种的序列数据的整合访问。还可对PubMed上生物医学文献进行检索，同时还可以对NCBI网站及其FTP上的资源进行搜索。 网址： HYPERLINK /Entrez/ /Entrez/ Figure2.1 entrez search result 在搜索栏输入你要查找的关键词，点击“GO”即可开始ENTREZ探索。如果输入多个关键词，它们之间默认的是“与”（AND）的关系，可以在关键词短语上使用双括号“”，则只有完全符合的记录会被搜索到。 Tip:搜索的关键词必须明确，不能是“gene”, “protein”没有明确指向的词语。但“transcription factor”这样有一定范围的词是可以接受的。可以用你感兴趣的领域的专业术语，也可以是非专业术语，比如：sars, bird flu, h1n1,lung cancer。other examples：rypsin,subtilism,peroxidase,myoglobin,albinism. 输入关键词，点击“GO”之后，在entrez主界面上每个数据库图标前方出现了数字,代表的是在相对应的数据库里搜索到的条目数。点击进入对应的数据库，可以查看搜索到的条目。如果在数据库图标前面为灰色，显示“none”,说明在对应的数据库里没有搜索到任何结果（Figure 2.1）。 也可以直接通过NCBI任一页面上的搜索栏进行Entrez搜索。点击“search”后面的下拉菜单，选择数据库，在下面的文本框里输入关键词，点击“Search”即可(Figure 2.2)。 Figure 2.2 Entrez quick search Entrez的精华在于其提供的 “Limits”、“Advanced Search”工具，只有充分理解并熟练运用这些工具进行复杂的检索，才能充分发挥Entrez的强大功能。 在Entrez输入关键词，点击自己感兴趣数据库后，进入搜索结果页面（Figure 2.3），在页面上方搜索栏后有“Limits”,”Advanced Search”选项，首先，点击Limits进入限定页面。 Figure 2.3 search result A: Limits 可以对序列发布时间或修改时间进行限定，也可以对搜索关键词的领域（field,每条genbank序列记录中左侧大写的那列）进行限定，也可以对搜索数据库（RefSeq, GENBANK,EMBL,DDBJ,PDB）进行限定，还可以对数据类型（基因组DNA或mRNA, mRNA,rRNA及cRNA）、序列位置（核基因，叶绿休，线粒体）和排除的数据类型（STSs, working draft, TPA:third party annotation, patent）等进行限定（Figure 2.4）。 Figure 2.4 Limits page 以上的截图是选择核酸数据库时限定的内容，选择其它类型数据库，限定页面内容将略有不同。 我们可以根据自己的关键词进行领域（field）限定。 如果输入的是序列名称（如hemoglobin, trypsin, etc）,点击Field下拉菜单，选择title; 如果输入的是物种的名称，field选择organism; Source database :一般选择RefSeq,建议大家在平时搜索时也使用这个选项。 限定完毕，点击“Search“，则出现根据你的限定得到的搜索结果，同时页面上显示“Limits Activated”，你可以点“change”修改限定，也可以点“remove”取消限定。 Figure 2.5 Limits Activated. 查询序列时，我们常常将搜索限定在RefSeq数据库,因为它的数据是非冗余的。 The HYPERLINK /RefSeq/ \t pmc_ext Reference Sequence (RefSeq) database is a non-redundant collection of richly annotated DNA, RNA, and protein sequences from diverse taxa. The collection includes sequences from plasmids, organel