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LOGO 系统发生分析小结 系统发生分析小结 Caas07f2a1-a4 黄拔严于琳琳李康韦永龙 Introduction 系统发生（phylogeny）是指生物形成或进化的历 史 系统发生学（phylogenetics)研究物种之间的进化 关系，其基本思想是比较物种的特征，并认为特 征相似的物种在遗传学上接近。 系统发生研究的结果往往以系统发生树 （phylogenetic tree)表示，用它来描述物种之间 的进化关系 蛋白质与核酸中序列与结构上保留有遗传的痕 迹，可用于系统发生关系的研究 分子系统发生分析通过比较生物分子序列，比较 序列之间的关系，构造系统发生树，进而阐明各 个物种的进化关系。 系统发生分析一般是建 立在分子钟基础上的 分子钟:分子序列进化 是按照一恒定速率进行 的，所以积累突变的数 量和进化时间成一定比 例，基于这个假说，发 生树上的树枝长度可以 用来估算基因分离的时 间。 直系同源与旁系同源 直系同源(orthologs):同源的 基因是由于共同的祖先基因进 化而产生的； 旁系同源(paralogs):同源的 基因是由于基因复制产生的。 用于分子进化分析中的序列 必须是直系同源的，才能真 实反映进化过程 系统发生树 系统发生树就是一个用来表 示一组对象之间的进化关系 的树形结构。 系统进化树分有根(rooted)和 无根(unrooted)树。有根树反 映了树上物种或基因的时间 有 顺序，而无根树只反映分类 根 单元之间的距离而不涉及谁 树 是谁的祖先问题。 进化树的构建 基本思想: 物种体内同功能生物分子（如蛋白质或核酸分子） 的相似程度越高，则物种的亲缘关系越近。 具体步骤: • 选择“特征分子”，原则是：a. 各个物种都有的同 源分子，b. 进化速率适当; • 对这些同源分子的序列进行多序列比对(multi- sequences alignment), 截取比对的最好的区域作为 物种的代表序列； 3. 按某种方法，算出代表序列两两之间的 差异度， 4. 基于这些差异度，绘制系统发生树 5. 对系统发生树进行可信度检验(bootstrap) 选择特征分子 既可以用核酸序列又可以用蛋白序列 用核酸序列还是蛋白序列主要取决于序列的性质和 研究的目的 对于具有很近亲缘关系的生物来说，选择核酸序列 研究要比选择蛋白序列更快的推断出结果 在大多数情况下，通过蛋白质序列研究要比用核酸 来研究要好，因为蛋白质序列含有更多相对保守的 序列 由于蛋白质序列由20个氨基酸组成，而核酸序列 是由4种核酸组成，因此蛋白质序列的比对比 DNA序列的比对更灵敏。 大多数情况下以蛋白质为基础的发生 树比以DNA为基础的发生树更恰当。 序列比对 只有正确的比对结果才会能推出正确的系统发生。 错误的比对结果会导致最后发生树在分类上的错 误，甚至是整个树的错误 多序列比对的结果应该进行检验并找出一个最合 理的结果。序列自动比对的结果通常会存在错 误，应该进行进一步的编辑或是进行提炼 对这些同源分子的序列进行多序列比 对(multi-sequences alignment), 截取