黄须伊乐寄蝇线粒体全基因组测定及其在双翅目系统发育推论中的应用-动物学专业毕业论文.docxVIP

PAGE PAGE III flavipalpis 附 注 在文章中用使用的一些缩写（Abbreviations）： COI, COII, COIII: cytochrome oxidase subunit I, II, and III protein genes; ATP6, ATP8: ATP synthase subunit 6 and 8 genes; NAD1, NAD2, NAD3, NAD4, NAD4L, NAD5, NAD6: NADH dehydrogenase subunit 1-6, 4L genes; CYTB, cytochrome b gene; rRNA, ribosomal RNA; lrRNA, large ribosomal RNA; SrRNA, small ribosomal RNA; tRNA, transfer RNA; tRNAX (where X is replaced by one letter amino acid code of the corresponding amino acid), tRNA gene; TψC-arm, T-loop and T-stem of a tRNA secondary structure. mtDNA, mitochondrial DNA. PCR, Polymerase Chain Reaction PAGE PAGE IV 目 录 摘 要 I Abstract II 附 注 III 第一章 引 言1 1.1 线粒体基因组1 1.1.1 线粒体基因组的基本特征1 1.1.2 线粒体基因组的基本结构1 1.1.3 线粒体基因组在分子系统学研究中的优点 2 1.2 双翅目线粒体基因组研究进展2 1.2.1 线粒体基因组研究的主要方向2 1.2.2 双翅目线粒体全基因组研究现状3 1.3 研究的目的和意义3 1.3.1 本研究的重要意义3 1.3.2 本研究的主要目的4 第二章 材料与方法5 2.1 实验的总体思路设计5 2.2 实验材料的收集及整理6 2.2.1 标本的采集、保存6 2.2.2 种类鉴定、描述及照片6 2.3 主要实验仪器和试剂6 2.3.1 主要实验仪器6 2.3.2 主要实验试剂7 2.4 实验方法7 2.4.1 总 DNA 提取及保存 7 2.4.2 线粒体基因组的引物设计7 2.4.3 线粒体基因组的扩增10 2.4.4 PCR 产物检测及测序 11 2.4.5 序列的拼接注释及组成分分析 11 2.4.6 系统发育分析12 2.4.7 起源分化时间的推测12 第三章 黄须伊乐寄蝇线粒体基因组的测定及结构特征 13 3.1 基因组总体结构及特征13 3.1.1 基因组结构13 3.1.2 基因顺序15 3.1.3 基因组碱基组成15 3.2 蛋白质编码基因19 3.2.1 碱基组成及偏向性19 3.2.2 密码子使用情况20 PAGE PAGE V tRNA 基因 21 3.3.1 tRNA 基因基本特征 21 3.3.2 tRNA 基因的二级结构预测 21 rRNA 基因 24 3.5 控制区（A+T 富含区） 24 3.6 基因间隔区及非编码区基因25 第四章 基于线粒体基因的双翅目系统发育分析26 4.1 分析方法26 4.1.1 分类单元的选取26 4.1.2 数据筛选及分析模型选择27 4.2 系统发育树的构建28 4.2.1 最大似然法建树28 4.2.2 贝叶斯系统发育推论法建树28 4.3 结果分析28 第五章 基于线粒体基因对寄蝇科昆虫起源时间的推测 33 5.1 时间刻度的构建33 5.1.1 化石材料的收集33 5.1.2 时间刻度的选择34 5.2 起源分化时间的推测34 5.2.1 具有时间刻度的系统发育树的构建34 5.2.2 起源分化时间分析34 结 论 32 参考文献 34 附 录 I 黄须伊乐寄蝇的重新描述及该属的重新整理 39 附 录 II 本论文研究过程中发现的一新种 48 致 谢 52 个人简历 54 寄蝇 寄蝇科昆虫的线粒体基因组测定及其在双翅目系统发育推论中的应用 1 1 第一章 引 言 1.1 线粒体基因组 1.1.1 线粒体基因组的基本特征 线粒体是几乎所有真核生物的都具有的细胞器，它是生物氧化磷酸化的场 所，并与生物的能量代谢、衰老、凋亡甚至疾病息息相关。线粒体于