第2章章节 生物数据库介绍资料.pptVIP

GenBank收录的物种 GenBank中20种测序最多的物种（09年8月15日发布的第173.0版） What is an accession number? An accession number is label that used to identify a sequence. It is a string of letters and/or numbers that corresponds to a molecular sequence. Examples (all for retinol-binding protein, RBP4): 这三大数据库虽然各自有不同的数据记录格式，但对核酸序列均采用相同的记录标准，同时每天交换数据以达到数据更新和一致。从地域角度看，EMBL主要负责收集欧洲的数据，GenBank负责美洲，DDBJ负责亚洲。由于国际互联网的发展，用户可以任意的向其中任意一个数据库提交序列，所提交的序列也将从公布之日起同时在三大数据库中出现。 示例 LOCUS NC_012618 15494 bp DNA circular INV 11-MAY-2009 DEFINITION Phascolosoma esculenta mitochondrion, complete genome. ACCESSION NC_012618 VERSION NC_012618.1 GI:228015390 DBLINK Project:37801 KEYWORDS . SOURCE mitochondrion Phascolosoma esculenta (peanut worm) ORGANISM Phascolosoma esculenta Eukaryota; Metazoa; Sipuncula; Phascolosomatidea; Phascolosomatiformes; Phascolosomatidae; Phascolosoma. REFERENCE 1 (bases 1 to 15494) AUTHORS Shen,X., Ma,X., Ren,J. and Zhao,F. TITLE A close phylogenetic relationship between Sipuncula and Annelida evidenced from the complete mitochondrial genome sequence of Phascolosoma esculenta JOURNAL BMC Genomics 10, 136 (2009) PUBMED 三大数据库之间的联系 国际核酸序列数据库协会 1998年，Genbank、EMBL、DDBJ共同成立了国际核酸序列数据库协会（International Nucleotide Sequence Database Collection, 简称INSDC，/），建立了合作关系。合作的目的是收集全球范围内的核酸序列，对其进行分析及注释。并通过互联网每天将新测定的和更新的数据进行交换共享，保证数据库信息的完整与同步。INSDC向全世界用户免费开放，不设定访问次数；但要求生命科学核心期刊在文章发表时序列必须提交到国际核酸序列数据库中。 / SwissProt蛋白质序列数据库在国际上比较权威，一般任何蛋白质序列数据搜寻和比较都应从SwissProt开始。 SwissProt涉及已知蛋白质的功能、序列（包括一些蛋白质片断序列）、结构域（如跨膜区等）结构、翻译后修饰（如磷酸化与去磷酸化等）及其位点、突变体等。SwissProt还与其他一些数据库如Prosite、Swiss-2D PAGE、Swiss-3D IMAGE、Enzyme、SwissModel、NCBI等相链接。 UniProt数据库 2002年为了整合全球的蛋白质序列资源，使信息共享，美国的蛋白质信息资源数据库PIR与欧洲生物信息学研究所EBI、瑞士生物信息学研究所SIB在国立卫生研究院NIH的资助下，决定建立全球范围内统一的蛋白质序列和功能数据库UniProt（通用蛋白质资源，Universal Protein Resource）。 合并了分属不同研究所下的PIR-PSD、SwissProt和 TrEMBL数据库。合并后的蛋白质数据库Uniprot具有全世界最全面的蛋白质分类信息，是蛋白质序列与功能主要的知识库。 网址： 拟南芥基因组数据库 拟南芥（Arabidopsis thaliana）属十字花科，拟南芥属，是一种分布很广的植物，其本身毫无经济价值，但其基因组较简单，染色体n=5，核基因组DNA含量=1.0×108碱基对，生命周期短，一代时间为3