hiDIPOnline功能多样性分解使用说明1简介2使用说明.PDFVIP

hiDIP Online 功能多樣性分解使用說明 1 簡介 本網頁取名為「hiDIP Online 」，是使用R語言以及網頁套件 Shiny 製作而 成，方便沒有程式基礎的使用者使用，使用者不需要下載R語言及套件，僅需 要將欲分析的資料上傳並點選所需的設定方可進行計算。網頁的內容包含了論 文第四章功能多層次的理論架構，並可輸出結果及視覺化圖片。 2 使用說明 本網頁包含三個部分，分別是「物種多樣性分解」（SPECIES DIVERSITY ）、「系統演化多樣性分解」（PHYLOGENETIC DIVERSITY ）及 「功能多樣性分解」（FUNCTIONAL DIVERSITY ），這邊僅對「功能多樣性分 解」部分做說明。 圖 1 網頁介面圖  使用步驟 步驟一、選擇功能多樣性分解 網頁最上方有三個部分可以選擇，選擇 FUNCTIONAL DIVERSITY 。 圖 2 功能多樣性分解選擇圖 步驟二、選擇資料來源 兩種資料類型可以選擇，若選擇Demo data ，本網頁提供三筆範例資料供 使用者使用，只要點選任一筆資料即可；若想自行上傳資料則選擇 Upload data ，需要上傳三個檔案，分別是data(.txt) 、多層次結構矩陣structure Matrix(.txt)及功能性距離矩陣 distance matrix(.txt) ，上傳資料的格式只接受txt 文字檔。 圖 3 資料來源選擇示意圖 資 料格式：  data(.txt) 物種豐富度資 料，第一 列為底層群落之名稱，第 一行為物種名稱 。  structure Matrix(.txt) 多層次結構矩陣，上傳格式如以下範例 ，假設 一區域有三個層級，由高到 低 分別是區域、 子區域與群落，第 一個子區域下有 2個群落，第 二個 子區 域下有 3個群落，則輸入 之矩陣格式如下 ： Region Region Region Region Region Subregion1 Subregion1 Subregion2 Subregion2 Subregion2 Community1 Community2 Community3 Community4 Community5  distance matrix(.txt) 功能性距離矩陣 ，第 一行及第 一列為物種名稱， 上傳格式如以下範例，假 設區域中 共有 3個 物種，則輸入 之矩陣格式如下： Species name1 Species name2 Species name3 Species name1 0 0.5 0.7 Species name2 0.5 0 0.8 Species name3 0.7 0.8 0 步驟 三、其他基本設定 q 此外還有各種相關參數的設定，其中包含階次 、距離差異門檻 以及相  對豐富度分解形式下的權重設定，如圖 4所示。 q q 1. 階次 ：輸入欲計算的階次 ，輸入時須以空格間隔，預設為序列：（0 、 0.5 、1 、1.5 、2 、2.5 、3 ）。 2.距離差異門檻 ：輸入欲計算的距離差異門檻 ，輸入時須以空格間隔，預 