聚类分析在中药研究中的应用教材.ppt

聚类分析在中药研究中的应用 聚类分析 概述 相似性度度量 聚类分析方法 中药分析 聚类分析的应用 聚类分析的意义 概述 聚类分析概述 聚类分析 指将物理或抽象对象的集合分组成为由类似的对象组成的多个类的分析过程。 聚类的目的 根据已知数据，计算各观察个体或变量之间亲疏关系的统计量（距离或者相关系数）。根据某种准则（最短距离法、最长距离法、中间距离法、重心法），使得同一类内的差别较小，而类与类之间差别较大，最终将观察个体或变量分为若干类。 聚类分析概述 聚类分析的特点 聚类分析可以将一组数据按照本身的内在规律较合理地分为几类，大大缩小了以往全凭主观判断所造成的误差，使数据分析结果更具客观性。更重要的是，聚类分析的应用可以完成以往人工所不能完成的工作。 聚类分析概述 聚类分析用于中药研究 中药复方中包括多味中药，通过不同的组合实现对疾病的治疗； 每一种中药中包含了大量的化合物成分，不同功能的中药中含有不同的化合物成分，也可能含有相同的成分，这些化合物成分之间相互作用（协同或抑制）通过多靶点、多途径而实现了药效； 因此，无论是复方还是单味中药其组成都很复杂，分析困难； 方剂 君 中药h 多种化合物 中药j 多种化合物 臣 中药e 多种化合物 佐 中药c 多种化合物 中药d 多种化合物 使 中药a 多种化合物 中药b 多种化合物 聚类分析概述 聚类分析用于中药研究 中药组成复杂这一特点使得对中药作用机理的研究比较困难，如果可以对这些复杂的成分进行分类，在分类的基础上去分析每个类内的成分特性，和类别之间的关联，将有助于作用机理的研究。 复杂的研究对象 类1 类2 类3 类4 聚类分析相似度度量 聚类分析相似度度量 相似度度量方法 距离测度 关联性测度 相关性测度 距离测度 假设每个对象有n个相关变量，每个变量对应于一个数值，则每个对象可以看成是n维空间的一个点，m个对象就是n维空间的m个点，通过计算两个点之间的聚类表示相关度； 距离定义方法： 欧式（Euclidian）距离 明氏（Minkowski）距离 马氏（Mahalanobls）距离 距离测度 例子：不同种类但药用类似的中药中往往含有相同的化合物或金属元素，但它们含量不同，根据组成成分的含量分析中药相关度可以采用距离测度,进而运用聚类研究药物金属元素与药物疗效的相关性.如下表（成分指成分的含量占整个中药的比例） 中药 成分1 成分2 …… 成分n 1 0.45 0.04 …… 0.31 2 0.33 0.098 …… 0.12 3 0.03 0.03 …… 0.24 …… m 0.022 0.04 …… 0.6 关联性测度 当个案不能由有意义的n维数值来表示时，常根据某些特征的存在与否来比较个案之间的相似性。相似个案比不相似有更多的共同特征。 关联性度量时，研究对象有n个特征，可以用0/1表示该对象是否符合某个特征，对两个研究对象各个特征进行匹配计算其相似度。 关联性测度方法： 简单匹配系数：s=(a+d)/n;(a:1-1匹配的个数，d:0-0匹配的个数，n:特征个数) 雅可比系数：s=a/n; 关联性度量 例子1：方剂相似性 每个方剂对应不同的中药组成，分别用0/1表示某种方剂是否含有某味中药，通过关联度量来计算方剂之间在组成的相似性； 方剂 中药1 中药2 …… 中药m-1 中药m 1 0 1 …… 1 0 2 1 0 …… 0 0 3 0 1 …… 1 0 …… 1 0 …… 1 0 n 0 0 …… 0 1 关联性度量 例子1：方剂相似性 每个方剂对应不同的功能，分别用0/1表示某种方剂是否具有某种功能，通过关联度量来计算方剂之间的功能相似性； 方剂 功能1 功能2 …… 功能k-1 功能k 1 1 1 …… 0 1 2 1 0 …… 0 0 3 1 0 …… 1 0 …… 0 1 …… 1 1 n 0 0 …… 1 1 关联性度量 例子2：中药相似性 每一味中药对应多种功能，通过关联度计算中药在功能方面的相似性； 单味药 功能1 功能2 …… 功能k-1 功能k 药1 1 1 …… 0 1 药2 1 0 …… 0 0 药3 1 0 …… 1 0 …… 0 1 …… 1 1 药n 0 0 …… 1 1 关联性度量 例子2：中药相似性 每一味中药都包含很多成分，通过关联度计算中药成分组成方面的相似性； 单味药 成分1 成分2 …… 成分m-1 成分m 药1 1 1 …… 0 1 药2 1 0 …… 0 0 药3 1 0 …… 1 0 …… 0 1 …… 1 1 药n 0 0 …… 1 1 相关度 研究多个对象之间的相似性常用距离，研究指标（变量）之间的相似性常用的有：夹角余弦和相关系数。 相关度方法 夹角余弦 Pearson相关系数 相关度 例子：分析两